电子保单的特别约定中关于管辖的约定，在符合法律规定的情况下是有效的。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条的规定：“合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。”这一条款为电子保单中特别约定管辖提供了明确的法律依据。

二、有效性条件

1. 书面形式：电子保单作为合同的一种形式，其特别约定管辖的条款应当以书面形式存在。在电子保单中，这通常表现为电子文本的形式，只要能够证明双方当事人已经同意该条款，即满足书面形式的要求。

2. 与争议有实际联系：当事人选择的管辖法院应当与争议有实际联系，如被告住所地、合同履行地等。这是为了确保管辖法院与争议具有足够的关联性，便于案件的审理和执行。

3. 不违反级别管辖和专属管辖：当事人约定的管辖法院不得违反法律对级别管辖和专属管辖的规定。例如，某些类型的案件可能只能由特定级别的法院或特定地区的法院管辖，当事人不得通过约定改变这一规定。

三、实务操作

1. 明确约定：在电子保单中，应当明确、具体地约定管辖法院，避免使用模糊或歧义的表述。例如，可以约定“因本保单产生的争议，由原告住所地人民法院管辖”。

2. 双方同意：确保双方当事人已经同意该管辖约定。在电子保单中，这通常表现为通过电子签名、点击确认等方式表示同意。

3. 保留证据：为了证明双方当事人已经同意管辖约定，应当保留相关的电子证据，如电子保单的文本、电子签名记录等。

四、法律后果

如果电子保单的特别约定中关于管辖的约定符合上述条件，那么该约定是有效的。在发生争议时，双方当事人应当按照该约定向约定的法院提起诉讼。如果一方当事人违反约定向其他法院提起诉讼，另一方当事人可以提出管辖异议，要求将案件移送至约定的法院审理。

五、注意事项

1. 审查约定：在签订电子保单时，应当仔细审查特别约定中的管辖条款，确保其符合自己的利益和法律规定。

2. 咨询专业人士：如果对管辖约定有疑问或不确定其有效性，可以咨询专业律师或法律机构，以获取更准确的法律意见。

总结来说，电子保单的特别约定中关于管辖的约定在符合法律规定的情况下是有效的。双方当事人在签订电子保单时应当明确约定管辖法院，并确保该约定符合法律要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。