结论：三方协议与总公司签订，但劳动合同与分公司签订，这种情况在法律上是可能且合理的，但具体是否合法需根据分公司的用工主体资格及三方协议与劳动合同的具体内容来判断。

分析：

1. 分公司的用工主体资格：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第四条，劳动合同法规定的用人单位设立的分支机构，若依法取得营业执照或者登记证书，可以作为用人单位与劳动者订立劳动合同。这意味着，如果分公司具备独立用工主体资格，那么与分公司签订劳动合同是合法的。
   • 若分公司未依法取得营业执照或登记证书，则受总公司委托可以与劳动者订立劳动合同。在此情况下，劳动者实际上仍与总公司建立劳动关系。

2. 三方协议与劳动合同的关系：

   • 三方协议通常涉及毕业生、用人单位和学校三方，主要用于明确毕业生就业意向和用人单位接收毕业生的意愿，以及学校在毕业生就业过程中的推荐和派遣职责。它并不直接等同于劳动合同，但可以作为劳动合同签订的前置协议。
   • 如果三方协议中明确约定了劳动者将与总公司签订劳动合同，但后续却与分公司签订了劳动合同，这可能构成对三方协议的变更。此时，需考虑三方协议中是否有关于变更的约定，以及劳动者是否同意这种变更。

3. 劳动合同的具体内容：

   • 无论与总公司还是分公司签订劳动合同，劳动合同的内容都应符合《中华人民共和国劳动合同法》的规定，包括劳动合同期限、工作内容和工作地点、工作时间和休息休假、劳动报酬、社会保险等条款。
   • 如果劳动合同中的条款与三方协议中的约定存在冲突，且没有明确的变更约定或劳动者同意，那么可能引发劳动争议。

建议：

• 核实分公司的用工主体资格：在签订劳动合同前，劳动者应核实分公司是否具备独立用工主体资格，以确保劳动合同的合法性。
• 仔细审查三方协议和劳动合同：劳动者应仔细阅读三方协议和劳动合同的内容，确保两者之间的约定一致，且符合法律法规的规定。
• 及时沟通并保留证据：如果劳动者对三方协议或劳动合同的条款有疑问或不满，应及时与用人单位沟通并保留相关证据，以便在发生争议时维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果分公司不具备独立用工主体资格，且未经总公司委托与劳动者签订劳动合同，那么该劳动合同可能被视为无效，劳动者可能仍与总公司建立劳动关系。
• 如果三方协议与劳动合同的条款存在冲突，且没有明确的变更约定或劳动者同意，那么可能引发劳动争议，劳动者可能需要通过劳动仲裁或诉讼等途径来解决争议。

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