关于电子版图纸与纸质版有争议，且施工单位未出具变更联系单时责任归属的问题，这通常取决于多个因素，包括合同约定、实际履行情况以及双方的行为等。以下是从不同角度进行的分析：
合同约定角度：
- 首先，需要审查施工合同中是否有关于图纸变更、联系单出具以及责任归属的具体条款。如果合同中明确规定了图纸变更的程序、联系单的出具要求以及未履行这些程序时的责任归属，那么应当按照合同约定来处理。
- 若合同中有明确约定：例如，合同规定“任何图纸变更均需以书面联系单形式确认，否则变更无效且责任由提出变更方承担”，那么在此情况下，如果施工单位未出具变更联系单，且电子版图纸与纸质版存在争议，责任很可能在施工单位，因为他们未按照合同约定的程序进行变更确认。
实际履行情况角度：
- 如果合同中没有明确约定或者约定不明确，那么需要考察双方在实际履行过程中的行为。这包括双方是否就图纸变更进行了口头或书面的沟通、施工单位是否实际按照电子版图纸进行了施工、以及这种变更是否得到了建设单位的默认或认可等。
- 若施工单位实际按电子版图纸施工且建设单位未提出异议：在这种情况下，尽管施工单位未出具变更联系单，但建设单位可能因默认或认可变更而需承担一定责任。然而，这并不意味着施工单位完全免责，特别是如果变更导致了额外成本或工期延误，且施工单位无法证明建设单位已明确同意变更。
- 若施工单位无法证明建设单位同意变更：则施工单位可能需承担因未出具变更联系单而导致的责任，包括但不限于返工、赔偿损失等。
法律原则角度：
- 在缺乏明确合同约定或实际履行情况存在争议的情况下，可以依据法律原则进行判断。例如，根据诚实信用原则和公平原则，双方应当诚实守信地履行合同义务，并在发生争议时寻求公平合理的解决方案。
- 若施工单位未履行基本告知义务：即未将图纸变更情况告知建设单位或未寻求建设单位的确认，那么施工单位可能因违反诚实信用原则而需承担一定责任。
建议：
- 对于此类争议，建议双方首先尝试通过协商解决。协商过程中，可以回顾合同条款、实际履行情况以及相关证据（如沟通记录、施工记录等），以寻求共识。
- 如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决。在此之前，建议双方各自收集并整理相关证据，以便在诉讼或仲裁中支持自己的主张。
- 为了避免类似争议的发生，建议在未来的合同中明确约定图纸变更的程序、联系单的出具要求以及责任归属等条款，并在实际履行过程中严格遵守这些约定。
最后，需要强调的是，每个案件的具体情况都是独特的，因此上述分析仅供参考。如果你面临具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。