自建房改成公寓是否合法，主要取决于是否满足相关法律法规的要求，包括城乡规划、业主同意、行政审批等多个方面。未经合法程序和获得相关批准擅自进行改装是违法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、合法性的判断依据
符合规划及相关规定：
- 根据《城乡规划法》，自建房所在地区的城乡规划必须允许住宅进行此类用途转变。特定区域内，若政策允许并满足安全、消防等条件，自建房可合理改造为公寓使用。但需注意，不同地区的规划要求可能有所不同，因此需具体了解当地政策。
业主同意与权益保护：
- 如果自建房位于小区内，且您并非唯一业主，那么根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，您将住宅改变为经营性用房（如公寓），除遵守法律、法规及管理规约外，还应经有利害关系的业主一致同意。这是为了维护其他业主的合法权益和居住安全。
行政审批手续：
- 必须向当地规划部门申请用途变更审批，并获得批准。
- 涉及建筑结构变动的，需办理建设工程规划许可证等相关建设审批手续。
- 改装必须符合消防安全要求，通过消防部门的审核验收，取得消防许可。
- 如果改装后的公寓用于出租或经营，可能还需办理营业执照等经营许可手续。
二、不合法的情况及后果
违反规划用途：
- 若所在区域规划明确禁止将住宅改为公寓，则此类改装行为违法。一旦被发现，可能面临责令整改、罚款甚至拆除等处罚。
未履行法定程序：
- 未经规划、建设、消防等部门审批，或未获得有利害关系业主同意即擅自改装并经营，属于违法行为。一旦被发现，将被要求停止经营并恢复房屋原状，还可能面临法律责任，如行政处罚或民事赔偿。
三、合法改装的途径
了解当地政策：
- 在改装前，务必了解当地关于自建房改装公寓的具体政策和规定，确保改装行为符合法律法规要求。
提请业主大会讨论（如适用）：
- 如果自建房位于小区内，且您并非唯一业主，那么应首先提请业主大会讨论并获得同意。这有助于维护小区的和谐稳定和其他业主的合法权益。
办理相关手续：
- 在获得业主大会同意（如适用）后，应向住建部门、规划部门等相关行政主管部门提交详细的改造方案和证明材料，依法申请用途变更、建设审批、消防审核等。确保所有手续齐全且合法有效。
获得批准并告知：
- 获得所有必要批准后，方可进行改造。并及时告知物业服务企业（如适用），确保改造过程合法合规且不影响其他业主的正常生活。
四、注意事项与风险提示
- 对周边居民的影响：自建房改装公寓可能对周边居民的正常生活和居住安全造成影响。因此，在改装过程中应充分考虑并采取措施减少不利影响，如加强隔音、防火等措施。
- 消防安全与流动人口管理：改造过程中应特别注意消防安全，确保公寓符合消防安全要求。同时，如果公寓用于出租或经营，应加强流动人口的管理，避免给社区带来安全隐患。
- 土地用途与规划：改变自建房用途可能涉及土地用途的改变。必须依法经有关行政主管部门批准，否则将面临法律风险。
总结来说，自建房改成公寓的合法性需严格遵循相关法律法规和程序要求。在进行此类改造前，建议您充分了解并遵守相关规定，确保改造过程的合法性和安全性。如果您在改装过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。