结论：在行政处罚案件中，若当事人不配合做笔录，行政机关一般不应直接向当事人领导沟通协助劝其配合，而是应依法采取其他措施来确保调查的顺利进行。

详细分析：

1. 行政调查的独立性：

   • 行政机关在调查行政处罚案件时，应当保持调查的独立性和公正性。直接向当事人领导沟通协助劝其配合，可能引发关于调查公正性和独立性的质疑，甚至可能干扰正常的调查程序。

2. 当事人配合的义务与权利：

   • 当事人有义务配合行政机关的调查，如实提供相关证据和信息。然而，这并不意味着行政机关可以采取任何手段来强制当事人配合，包括向其领导施压。
   • 当事人也有权利保护自己的合法权益，包括在调查过程中保持沉默或拒绝提供可能对自己不利的证据（当然，这需要在法律允许的范围内，并可能承担相应的法律后果）。

3. 行政机关的合法调查手段：

   • 若当事人不配合做笔录，行政机关可以依法采取其他调查手段，如询问其他证人、调取相关证据、进行现场勘查等。
   • 在必要时，行政机关还可以依法对当事人采取强制措施，如传唤、留置等，但这些措施必须严格依法进行，并符合法定条件。

4. 向领导沟通协助的潜在问题：

   • 直接向当事人领导沟通协助劝其配合，可能涉及侵犯当事人隐私、干扰企业正常经营秩序等问题。
   • 若领导因此对当事人施加压力或采取不利措施，还可能引发劳动争议或其他法律纠纷。

5. 合法合规的替代方案：

   • 行政机关可以通过书面通知、公告等方式，明确告知当事人不配合调查的法律后果，并督促其主动配合。
   • 若当事人仍不配合，行政机关可以依法将案件移送至公安机关或其他有权机关处理，由其对当事人采取更严厉的措施。

建议与后果：

• 建议：行政机关在调查行政处罚案件时，应严格遵守法定程序，依法采取调查手段，确保调查的公正性和独立性。若当事人不配合做笔录，行政机关应通过合法合规的方式督促其配合，而非直接向其领导沟通协助。
• 后果：若行政机关违反法定程序或采取不当手段进行调查，可能面临行政复议或行政诉讼的风险，甚至可能承担相应的法律责任。同时，这也可能损害行政机关的公信力和形象。

如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。