您好，针对您提出的问题“父亲是三级残疾人而女儿是否可以申请孤儿”，首先需要明确的是，仅凭父亲是三级残疾人这一条件，女儿并不能直接申请成为孤儿。
根据相关政策，孤儿是指失去父母、查找不到生父母且未被依法收养的未满18周岁的未成年人。而您所描述的情况，并不符合孤儿的定义。不过，如果女儿的情况符合“事实无人抚养儿童”的定义，那么她是有可能获得相关生活保障的。
事实无人抚养儿童是指父母因重大困难无法履行抚养和监护责任的儿童，这包括父母双方均符合重残、重病等情形，或者父母一方死亡、失踪，另一方符合重残、重病等情形的家庭中，未满18周岁的未成年人。在您所描述的情况中，如果父亲的三级残疾导致他无法履行抚养和监护责任，并且这一情况得到了相关部门的认定，同时女儿也未满18周岁，那么她就有可能被认定为事实无人抚养儿童，并享受相应的生活保障。
要申请事实无人抚养儿童的基本生活补贴，需要提交以下材料：
父母相关情况证明材料，如父亲的残疾人证复印件，以及可能需要的医院诊断证明、法院判决书等，以证明父亲无法履行抚养和监护责任。
女儿的身份证、户口簿等身份证明材料。
女儿的近期免冠照片。
填写相关的申请表格，如《孤儿和事实无人抚养儿童基本生活费申请表》等。
申请流程一般如下：
由女儿或其监护人向儿童户籍所在地的镇人民政府或街道办事处提出申请。
镇人民政府或街道办事处在收到申报材料后，会进行核实和查验，对符合条件的签署意见并报县（区）民政部门审批。
县（区）民政部门接到申报材料后，会开展入户走访和调查核实，并在规定时间内完成确认（审批）工作。对符合条件的，会发放基本生活费。
因此，建议您先了解当地的具体政策和申请流程，准备好相关材料，然后向相关部门提出申请。希望这些信息能对您有所帮助，如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。