工程竣工备案几年后发现质量问题，处理方式需根据具体情况分情况讨论，具体如下：

1. 质量问题责任归属与保修期
   根据《建设工程质量管理条例》第四十条，建设工程在正常使用条件下的最低保修期限为：

   • 基础设施工程、房屋建筑的地基基础工程和主体结构工程：设计文件规定的合理使用年限（通常为50年或更长）；
     
   • 屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏：5年；
     
   • 供热与供冷系统：2个采暖期、供冷期；
     
   • 电气管线、给排水管道、设备安装和装修工程：2年。
     若质量问题在保修期内发现，建设单位（业主）应立即通知施工单位进行维修。施工单位拒绝维修或未履行保修义务的，建设单位可自行委托第三方维修，费用由施工单位承担，并可追究其违约责任。
     若质量问题超出保修期，需进一步分析原因：
     
   • 若因施工单位偷工减料、使用不合格材料或未按设计施工导致，即使超过保修期，施工单位仍需承担终身质量责任（尤其涉及地基、主体结构等关键部分）；
     
   • 若因业主使用不当（如擅自改动结构、超负荷使用）或第三方原因（如自然灾害）导致，责任由业主自行承担。

2. 质量鉴定与证据固定
   发现质量问题后，应第一时间委托具有资质的工程质量检测机构进行鉴定，明确问题原因、范围及修复方案。鉴定报告是后续维权的核心证据，需确保：

   • 检测机构资质合法；
     
   • 鉴定程序合法（如通知相关方到场）；
     
   • 报告内容详细（包括问题成因、修复费用估算等）。
     同时，需保留现场照片、视频、维修记录等辅助证据，避免证据灭失。

3. 维权途径与程序

   • 协商解决：优先与施工单位、建设单位协商，明确责任方及修复方案，签订书面协议；
     
   • 行政投诉：向当地建设行政主管部门（如住建局）投诉，要求介入调查并责令责任方整改；
     
   • 仲裁或诉讼：若协商、投诉无果，可依据施工合同中的仲裁条款申请仲裁，或直接向法院起诉。诉讼中需重点证明：
     
     • 质量问题的存在及严重性；
       
     • 问题与施工行为的因果关系；
       
     • 修复费用及损失金额（可通过司法鉴定确定）。
       特别提示：若涉及重大质量问题（如主体结构安全），业主可要求建设单位委托第三方进行安全鉴定，并依据《民法典》第八百零二条追究施工单位侵权责任。

4. 特殊情形处理

   • 已过最长诉讼时效（20年）：若质量问题自竣工之日起超过20年，法院可能以“超过最长权利保护期间”为由驳回诉求，但若能证明施工单位故意隐瞒质量问题，可主张时效中断；
     
   • 建设单位已注销：可向其股东、实际控制人追责，或依据《公司法》相关规定主张连带责任；
     
   • 涉及刑事犯罪：若质量问题因施工单位重大过失或故意导致（如使用劣质材料），可能构成“工程重大安全事故罪”，可向公安机关报案。

建议行动步骤：

1. 立即停止使用问题区域，避免扩大损失；
   
2. 委托检测机构出具鉴定报告；
   
3. 收集施工合同、验收文件等证据；
   
4. 根据问题原因选择协商、投诉或诉讼；
   
5. 必要时申请财产保全，确保修复费用到位。
   

如有进一步疑问或需具体方案，可直接向我咨询，我将结合案件细节提供针对性建议。