工程备案后发现严重质量问题，应立即采取以下措施，具体处理方式需根据问题性质、责任主体及合同约定综合判断：

1. 立即启动质量鉴定程序
   委托具有资质的第三方检测机构对工程进行全面质量鉴定，明确问题范围、成因及严重程度（如主体结构安全、使用功能缺陷等）。鉴定报告是后续维权的核心证据，需确保程序合法、结果客观。
   法律依据：根据《建设工程质量管理条例》第41条，建设单位或施工单位可委托检测机构鉴定，但涉及结构安全的鉴定需由建设行政主管部门指定机构进行。

2. 区分责任主体并固定证据

   • 设计问题：若质量问题源于设计缺陷（如违反强制性规范），需核查设计合同、施工图审查文件，要求设计单位承担修改责任及赔偿。
     
   • 施工问题：若因施工偷工减料、未按图施工导致（如混凝土强度不足、钢筋规格不符），需留存施工记录、监理日志、材料检测报告等证据，追究施工单位责任。
     
   • 材料问题：若因材料不合格引发（如劣质管材、过期水泥），需追溯材料采购合同、进场验收记录，要求供应商或施工单位更换并赔偿。
     关键点：所有证据需形成完整链条，避免因证据缺失导致责任难以认定。

3. 根据问题严重程度选择处理路径

   • 一般质量问题（不影响结构安全但影响使用）：
     要求责任方限期整改（如返工、修补），并依据合同约定主张违约金或赔偿损失（如工期延误损失、第三方索赔等）。
     
   • 严重质量问题（危及结构安全或无法修复）：
     可依据《民法典》第800条主张解除合同，要求责任方返还已付工程款、赔偿全部损失（包括重建费用、第三方损失等），并报告建设行政主管部门。
     示例：若鉴定报告显示主体结构承载力不足，建设单位可要求施工单位拆除重建，并追究其行政责任（如罚款、停业整顿）。

4. 协商与诉讼并行推进

   • 协商阶段：向责任方发送书面《质量整改通知》，明确整改期限、标准及违约后果；若对方拒不整改，可委托律师发送《律师函》施压。
     
   • 诉讼阶段：若协商无果，需在3年诉讼时效内起诉（自知道质量问题之日起算），同时申请法院委托鉴定机构重新鉴定（避免单方鉴定结果不被采信）。
     提示：诉讼中可申请财产保全，冻结责任方账户或等值财产，确保判决执行。

5. 行政监管与信用惩戒联动
   向当地住建部门举报质量问题，要求对责任方进行行政处罚（如罚款、吊销资质）；同时，将质量问题录入“全国建筑市场监管公共服务平台”，影响责任方信用评级及后续投标资格。

后续建议：工程备案后发现质量问题，需兼顾技术修复与法律维权，避免因拖延导致损失扩大。若涉及复杂技术问题或责任争议，可随时向我咨询，我将结合具体证据提供针对性方案。