工程公司对于供应商的水电费扣款原则上需要对方同意，但存在例外情形，具体分析如下：

1. 合同有明确约定时
   若工程公司与供应商签订的合同中已明确约定“工程公司有权从应付货款中直接扣除水电费”，且该条款不违反法律强制性规定（如显失公平、格式条款无效情形），则工程公司可直接扣款。此时扣款行为具有合同依据，无需供应商另行同意。
   法律依据：根据《民法典》第509条，当事人应按约定全面履行义务；第496条，格式条款需履行提示说明义务，否则可能无效。

2. 合同无约定或约定不明时
   若合同未约定扣款方式，工程公司需与供应商协商一致后扣款。未经同意单方扣款可能构成违约，供应商有权要求返还并主张赔偿。
   例外情形：若供应商欠付水电费且经催告后仍不支付，工程公司可依据《民法典》第579条行使留置权或通过诉讼主张债权，但直接扣款仍需以合同约定或对方同意为前提。

3. 实际履行中的特殊情况

   • 代扣代缴协议：若双方另行签订代扣协议（如水电费由工程公司统一缴纳后从货款中扣除），则扣款行为合法。
     
   • 行业惯例：若某行业存在“水电费由使用方承担且从货款中扣除”的普遍做法，且供应商明知或应知，可能被认定为交易习惯，但需结合具体证据判断。

建议：

• 工程公司应在合同中明确水电费承担主体、计算方式及扣款流程，避免争议；
  
• 扣款前应向供应商发送书面通知，保留送达证据；
  
• 若供应商拒绝扣款，可通过协商、调解或诉讼解决，避免单方操作引发法律风险。
  

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