同居关系子女抚养纠纷中双方协议约定的抚养费，在满足一定条件时是有效的。以下是对这一问题的详细分析：
有效协议的构成要件
双方具备完全民事行为能力：
- 双方在签订抚养费协议时，必须能够正确理解自己行为的性质和后果，独立进行民事活动。这是确保协议有效性的基础，因为只有具备完全民事行为能力的人才能对自己的行为负责。
基于自愿平等协商，意思表示真实：
- 协议必须是双方在平和、理性的氛围中，就子女抚养问题进行充分沟通后达成一致意见并签署的。这意味着协议不能是在欺诈、胁迫等情形下签订的，否则协议可能因意思表示不真实而被撤销或无效。
内容合法，不违反法律法规的强制性规定：
- 协议内容不得违背法律的强制要求，如抚养费不能低于当地的基本生活保障标准，也不能约定限制子女受教育等合法权益的条款。此外，抚养权、抚养费、探视权等条款的设置应合理且符合法律法规的规定。
不损害子女的利益：
- 所有条款都应以保障子女的健康成长和合法权益为出发点。在确定抚养费数额时，应综合考虑子女的实际需要、父母双方的负担能力及当地生活水平等因素，确保抚养费能够满足子女的基本生活和教育需求。
无效协议的情况及原因
违反法律法规强制性规定：
- 如协议中约定一方无需承担任何抚养费用，且此约定明显不利于孩子的健康成长，违反了法律规定的父母抚养义务，则该条款将被认定为无效。因为抚养子女是父母的法定义务，不能通过协议来免除。
存在欺诈、胁迫等情形：
- 若一方在签订协议时故意隐瞒真相或采用其他不正当手段迫使对方接受不合理条款，受欺诈或胁迫方有权请求法院撤销该协议。因为这种情况下签订的协议不是基于双方的真实意愿，而是受到了不正当的影响。
实务建议
- 签订协议前咨询专业律师：在签订同居关系子女抚养协议前，建议双方咨询专业律师，以确保协议的规范性和有效性。律师可以根据双方的具体情况，提供针对性的法律建议，帮助双方制定合理的抚养费协议。
- 明确协议内容：协议中应明确孩子的抚养权归属、抚养费的数额、支付方式和期限等关键条款。这些条款应具体、明确，避免日后因理解不一致而产生纠纷。
- 遵守协议约定：双方应严格遵守协议约定，按时支付抚养费，保障子女的合法权益。如一方违约，另一方有权向法院提起诉讼，要求强制执行协议内容。
举例说明：假设甲和乙是同居关系，并育有一子。后因感情不和分手，双方就子女的抚养问题签订了一份协议，约定甲每月支付抚养费2000元，直至子女年满18周岁。如果这份协议是在双方自愿平等协商的基础上签订的，且内容合法、不损害子女的利益，那么这份协议就是有效的。甲应按照协议约定按时支付抚养费，否则乙有权向法院提起诉讼要求甲履行义务。
综上所述，同居关系子女抚养纠纷中双方协议约定的抚养费在满足一定条件时是有效的。双方在签订协议时应谨慎对待，确保协议内容的合法性、真实性和有效性，以保障自身及子女的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。