分居期间签订的抚养费协议，在满足一定条件时是有效的，对双方均具有法律约束力。以下是对这一问题的详细分析：
有效协议的构成要件
双方具备完全民事行为能力：
- 双方在签订协议时，必须能够正确理解自己行为的性质和后果，独立进行民事活动。这是确保协议有效性的基础。例如，如果一方因精神疾病或其他原因无法理解协议内容，则该协议可能因缺乏行为能力而无效。
基于自愿平等协商，意思表示真实：
- 协议必须是双方在平和、理性的氛围中，就子女抚养问题进行充分沟通后达成一致意见并签署的。不存在欺诈、胁迫等情形，确保双方的意愿是真实且自由的。如果一方在签订协议时受到欺诈或胁迫，该协议可能因意思表示不真实而被撤销。
内容合法，不违反法律法规的强制性规定：
- 协议内容不得违背法律的强制要求，如抚养费不能低于当地的基本生活保障标准。同时，不能约定限制子女受教育等合法权益的条款。抚养权、抚养费、探视权等条款的设置应合理且符合法律法规。例如，如果协议中约定抚养费过低，无法满足子女的基本生活需求，则该条款可能因违法而无效。
不损害子女的利益：
- 所有条款都应以保障子女的健康成长和合法权益为出发点。在确定抚养权归属时，要综合考虑双方的抚养能力、抚养条件等因素，选择最有利于子女成长的一方。如果协议中的条款损害了子女的利益，如限制子女的探视权或教育权等，则该条款可能因违法而无效。
无效协议的情况及原因
违反法律法规强制性规定：
- 如免除抚养义务的约定无效，因为抚养子女是父母的法定义务。无论双方是否分居，父母都有义务为子女提供必要的生活、教育和医疗等费用。因此，任何试图免除这一义务的协议都是无效的。
- 约定内容与法律冲突，如限制一方的探视权，违反法律保障父母探视权的规定。探视权是父母的一项基本权利，也是子女健康成长的重要保障。因此，任何试图限制或剥夺这一权利的协议都是无效的。
存在欺诈、胁迫等情形：
- 如果一方在签订协议时受到欺诈或胁迫，导致意思表示不真实，那么该协议可能因可撤销而自始无效。在这种情况下，受欺诈或胁迫的一方有权向法院申请撤销该协议。
实务建议
在签订分居期间的抚养费协议时，我建议双方：
- 充分沟通：就子女抚养问题进行充分沟通，确保双方对协议内容有清晰、一致的理解。
- 咨询专业律师：虽然我已经为你提供了详细的法律分析，但每个具体案件都有其独特性。因此，在签订协议前，最好咨询专业律师，以确保协议的规范性和有效性。
- 明确条款：在协议中明确抚养权归属、抚养费的具体数额、支付方式、支付周期以及探视权等关键条款，以避免日后争议。
综上所述，分居期间签订的抚养费协议在满足一定条件时是有效的。但为了确保协议的规范性和有效性，我建议双方在签订前充分沟通并咨询专业律师。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。