分居期间不给孩子抚养费的诉讼时效为三年。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这一规定同样适用于追索抚养费的情况。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

二、诉讼时效的起算点

1. 一般情况下：

   • 追索抚养费的诉讼时效自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
   • 在分居期间，如果一方未支付抚养费，另一方从应支付而未支付之日起即应视为知道或应当知道权利受到损害，此时开始计算诉讼时效。

2. 特殊情况下的中断与重新计算：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一百九十五条，在诉讼时效期间内，若权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务等情形，诉讼时效将中断并重新计算。
   • 例如，权利人在分居期间多次通过电话、短信等方式催讨抚养费，每次催讨均可构成诉讼时效的中断事由。

三、实际执行中的注意事项

1. 主动维权的重要性：

   • 权利人需在三年内通过协商、调解或诉讼等途径主张权利，否则可能因超过时效而丧失胜诉权。
   • 建议定期保存催款记录（如聊天记录、通话录音）作为中断时效的证据。

2. 未成年子女权益的特殊保障：

   • 若权利人因客观障碍未能及时行使权利（如经济困难、人身自由受限），法院可依据《民法典》第一百九十四条认定诉讼时效中止。
   • 对于持续未支付抚养费的行为，部分司法实践支持以最后一次未支付时间作为起算点，但需结合具体证据判断。

四、举例说明

假设甲和乙是夫妻，分居期间乙未支付抚养费。甲在分居一年后知道乙未支付抚养费，那么甲的诉讼时效从知道之日起计算三年。如果在这三年内，甲多次通过电话、短信等方式催讨抚养费，每次催讨都会导致诉讼时效中断并重新计算。如果甲在三年内未采取任何行动，那么三年后甲可能因超过诉讼时效而丧失胜诉权。

总结与建议：分居期间不给孩子抚养费的诉讼时效为三年，权利人需在三年内通过协商、调解或诉讼等途径主张权利。同时，建议权利人定期保存催款记录作为中断时效的证据，以维护自己的合法权益。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。