结论：住建局房屋强拆后，由自规局支付赔偿款是否合法，需根据具体情况判断，包括拆迁行为的合法性、赔偿责任的归属以及支付主体的法定职责等。以下从不同角度进行分析：
拆迁行为的合法性：
- 若住建局的强拆行为是依法进行的，即已经取得了合法的拆迁许可，并按照法定程序进行了拆迁，那么因拆迁导致的赔偿问题应依法处理。
- 若住建局的强拆行为违法，如未取得拆迁许可、未按照法定程序进行拆迁等，那么住建局应承担相应的法律责任，包括赔偿因违法拆迁给被拆迁人造成的损失。
赔偿责任的归属：
- 在合法拆迁的情况下，赔偿责任通常归属于拆迁人，即住建局或其委托的拆迁实施单位。若住建局将拆迁任务委托给其他单位或个人，且该单位或个人在拆迁过程中造成损失，住建局仍需承担连带责任。
- 若因其他原因（如规划调整、土地征收等）导致房屋需要拆迁，且这些原因与住建局无直接关联，那么赔偿责任可能归属于其他相关部门或单位。但在此情况下，住建局作为拆迁行为的执行者，仍需确保拆迁过程的合法性和被拆迁人的合法权益。
支付主体的法定职责：
- 自规局（自然资源和规划局）通常负责土地管理和规划工作，并不直接承担拆迁赔偿的支付职责。然而，在某些特定情况下，如土地征收过程中，自规局可能作为征收主体或参与征收工作的部门，需要承担一定的赔偿责任或协调赔偿支付工作。
- 若自规局被明确指定为赔偿支付主体，这通常基于特定的法律规定或政府决策。在此情况下，自规局需按照相关法律法规和政策要求，及时、足额地支付赔偿款。
法律建议：
- 对于被拆迁人而言，若对拆迁行为的合法性、赔偿责任的归属或支付主体的法定职责存在疑问，应及时咨询专业律师，了解自己的合法权益和维权途径。
- 若认为住建局或自规局的拆迁行为或赔偿支付行为违法或不当，被拆迁人可以通过行政复议、行政诉讼等法律途径维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 若住建局或自规局的拆迁行为或赔偿支付行为被认定为违法或不当，它们可能面临行政处罚、民事赔偿等法律后果。同时，相关责任人员也可能承担个人责任。
进一步思考：
- 在拆迁过程中，各相关部门应严格按照法律法规和政策要求行事，确保拆迁行为的合法性和被拆迁人的合法权益。同时，加强部门间的沟通协调，形成工作合力，共同推进拆迁工作的顺利进行。
- 被拆迁人也应积极了解拆迁政策和法律法规，增强自我保护意识。在拆迁过程中，保留好相关证据材料，以便在需要时维护自己的合法权益。
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