单位不配合调查令，可能会承担以下法律责任：
罚款与拘留：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，若单位无正当理由拒不履行协助义务，法院有权根据情节轻重对其处以罚款。对单位的罚款金额通常在五万元以上一百万元以下。
- 同时，法院还可能对其主要负责人或直接责任人予以拘留或罚款，拘留期限一般不超过十五日，罚款金额对个人为十万元以下。
强制执行措施：
- 法院在必要时可采取查封、扣押、冻结等强制执行手段，以获取必要的证据。这些措施旨在确保调查令的有效执行，维护司法程序的顺利进行。
针对单位不配合调查令的情况，你可以采取以下应对措施：
与单位沟通协商：
- 首先，尝试与单位进行友好沟通，阐明调查令的法律效力及不配合的后果。通过解释法律条款和案例，争取对方的理解与合作。
- 若因程序问题受阻，可请求法院指导完善手续；若涉及敏感信息，可协商缩小调查范围或采用替代方案，以达成双方都能接受的解决方案。
向签发法院申请协助：
- 若沟通无果，可向签发调查令的法院提交书面报告，详细说明不配合情况、已采取的措施及建议解决方案。
- 请求法院直接介入，通过司法强制力保障调查权的行使。法院有权对不配合的单位采取上述罚款、拘留等强制措施。
通过法律途径追究责任：
- 若单位的不配合行为给你造成了损失，你可以提起妨碍诉讼程序责任之诉，主张赔偿。
- 同时，你也可以向单位的主管部门投诉举报，借助行政力量督促其整改。主管部门有权对违规单位进行处罚，并要求其配合调查。
在处理此类问题时，你还需要注意以下事项：
- 确保调查令合法有效：核实调查令是否由具备管辖权的法院签发，内容是否明确具体且未超出法定权限。只有合法有效的调查令才能得到法院的支持和执行。
- 规范调查取证行为：在调查过程中，严格遵守保密规定，不得泄露调查中知悉的商业秘密或个人隐私。否则，你可能需要承担相应的法律责任。
- 强化风险防范意识：提前评估调查难度，制定应急预案。遇复杂情况时，及时向我咨询专业意见，以便更好地应对可能出现的法律风险。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。