结论：当单位不配合法院调查令时，可以采取多种法律措施来应对，包括与单位沟通协商、向签发法院申请协助以及通过法律途径追究责任。以下是对这些措施的详细解释和建议。
一、与单位沟通协商
阐明法律义务：
- 首先，应主动向单位说明调查令的法律效力，即根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，持有法院签发的调查令的律师有权在指定范围内向有关单位或个人调查收集证据，被调查人应当积极配合，如实提供相关信息或材料。
- 强调不配合调查令可能面临的法律后果，如罚款、拘留等，以促使单位认识到其法律义务。
调整调查方式：
- 如果单位因程序问题或对调查范围有异议而不配合，可以尝试与单位协商，请求法院指导完善手续或缩小调查范围，以达成共识。
二、向签发法院申请协助
提交书面报告：
- 如果与单位沟通无果，应立即向签发调查令的法院提交书面报告，详细说明单位不配合的情况、已采取的措施以及建议的解决方案。
申请强制执行：
- 在书面报告中，可以请求法院直接介入，通过司法强制力保障调查权的行使。法院有权对不配合的单位采取罚款、拘留等强制措施，甚至可以通过搜查等手段直接获取相关证据。
三、通过法律途径追究责任
提起妨碍诉讼程序责任之诉：
- 如果单位的不配合行为造成了实际损失，如延误了诉讼进程或导致了错误的判决，可以考虑提起妨碍诉讼程序责任之诉，要求单位承担赔偿责任。
向主管部门投诉举报：
- 针对违规单位，还可以向其行业监管部门投诉举报，借助行政力量督促单位整改并配合调查。
四、注意事项与建议
确保调查令合法有效：
- 在采取任何措施之前，务必核实调查令是否由具备管辖权的法院签发，内容是否明确具体且未超出法定权限。
规范调查取证行为：
- 在调查过程中，应严格遵守保密规定，不得泄露调查中知悉的商业秘密或个人隐私，以免引发不必要的法律纠纷。
强化风险防范意识：
- 在调查前，应提前评估调查难度和可能遇到的风险，制定应急预案。如遇复杂情况或不确定的法律问题，应及时向我咨询，以确保调查工作的顺利进行。
总结：面对单位不配合法院调查令的情况，应首先尝试与单位沟通协商，阐明法律义务并调整调查方式；若沟通无果，则应立即向签发法院申请协助，通过司法强制力保障调查权的行使；同时，也可以考虑通过法律途径追究单位的责任。在整个过程中，务必确保调查令的合法有效、规范调查取证行为，并强化风险防范意识。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。