公司让员工周六周日上班是否合法，主要取决于公司的工时制度安排以及是否遵守了相关法律法规。以下是对此问题的详细分析：

1. 标准工时制下的情况：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及《国务院关于职工工作时间的规定》，我国实行劳动者每日工作8小时、每周工作40小时（或平均每周不超过44小时）的标准工时制度，并保证劳动者每周至少休息一日。
   • 若公司安排员工周六周日上班，但保证了员工每周的总工作时间未超过法定标准，并且安排了补休或者支付了相应的加班费，这种安排是合法的。例如，如果公司实行的是单双休制度，即一周工作六天但总工时不超过40或44小时，并且确保员工有足够的休息时间，同时按照法律规定支付了加班费或安排了补休，那么这种安排是合法的。
   • 若公司安排员工周六周日上班，导致每周工作时间超过法定标准，且未安排补休或支付加班费，则属于违法行为。根据《劳动法》规定，用人单位应支付不低于工资的百分之二百（休息日）或百分之三百（法定节假日）的工资报酬作为加班费。

2. 特殊工时制下的情况：

   • 综合计算工时工作制：对于因工作性质特殊需连续作业或受季节及自然条件限制的企业，经劳动行政部门审批后，可以实行综合计算工时工作制。在此制度下，即便周六周日正常上班，只要整个综合计算周期内的总实际工作时间不超过法定标准工作时间，也是合法的。
   • 不定时工作制：对于企业中的高级管理人员、外勤人员等无法按标准工作时间衡量的职工，经劳动行政部门审批后，可以实行不定时工作制。在此制度下，员工的工作时间不受标准工作时间的限制，因此周六周日上班通常也是合法的，不存在加班问题，但企业应确保职工的休息休假权利。

3. 实际操作建议：

   • 公司应明确自身的工时制度，并严格按照法律规定执行。若需实行特殊工时制，应提前向劳动行政部门申请审批。
   • 公司应合理安排员工的工作时间，确保不超过法定标准，并保证员工有足够的休息时间。若需安排员工加班，应依法支付加班费或安排补休。
   • 员工应了解自己的权益，如认为公司安排周六周日上班的行为侵犯了自己的合法权益，可以与公司协商解决；协商不成的，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的权益。

总结来说，公司让员工周六周日上班是否合法，取决于公司的工时制度安排以及是否遵守了相关法律法规。为确保合规性，公司应明确工时制度、合理安排工作时间，并依法支付加班费或安排补休。员工也应了解自己的权益，并在必要时采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。