当案件存在疑点时，公安机关会依据相关法律法规和具体案情，采取一系列严谨且有序的措施来处理，以确保案件的公正、公平，并充分保护犯罪嫌疑人的合法权益。以下是公安机关处理存疑案件的详细流程：

一、侦查阶段的处理

1. 补充侦查与深入调查

   • 公安机关在发现案件存在疑点或证据不充分时，会立即启动补充侦查程序。这包括进一步收集、调取证据，询问证人，进行鉴定、勘验等工作，以完善证据链条，力求查明案件事实。
   • 在补充侦查过程中，公安机关会深入调查，重新审查现有证据，积极寻找新的证据线索，并对相关证人进行进一步询问，以获取更多有价值的信息。

2. 对犯罪嫌疑人的处理

   • 若公安机关在侦查过程中发现对犯罪嫌疑人采取的强制措施不当，或经侦查认为犯罪嫌疑人不构成犯罪、不应追究刑事责任，会及时解除强制措施，如取保候审、监视居住等，并立即释放被拘留的犯罪嫌疑人，同时发给释放证明。
   • 对于有犯罪事实需要追究刑事责任，但证据尚不足以移送审查起诉的犯罪嫌疑人，若符合取保候审或监视居住条件，公安机关会依法采取相应措施，以便继续侦查。

二、侦查终结阶段的处理

1. 撤销案件

   • 经过全面侦查，若公安机关发现案件没有犯罪事实、情节显著轻微不构成犯罪、已过追诉时效、经特赦令免除刑罚、犯罪嫌疑人死亡或其他依法不追究刑事责任的情况，会依法撤销案件。
   • 撤销案件后，若犯罪嫌疑人已被逮捕，公安机关会立即释放并发给释放证明，同时通知原批准逮捕的人民检察院。

2. 移送审查起诉

   • 若案件虽存疑点，但公安机关认为犯罪事实清楚，证据确实、充分，足以认定犯罪嫌疑人有罪，会将案件移送同级人民检察院审查决定。移送时，公安机关需附带全部案卷材料、证据，并在起诉意见书中明确写明认定的犯罪事实、罪名及法律依据。

三、审查起诉阶段退回补充侦查的处理

• 当人民检察院因案件事实不清、证据不足或存在遗漏等情况将案件退回公安机关补充侦查时，公安机关会按照人民检察院的补充侦查提纲要求，在一个月内完成补充侦查。补充侦查以两次为限。
• 补充侦查完毕后，公安机关需重新制作起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送人民检察院审查。若经补充侦查仍证据不足，不符合起诉条件，公安机关会尊重人民检察院的不起诉决定。

四、复议与复核

• 若公安机关认为检察院的存疑不诉决定有误，有权要求检察院进行复议。若复议结果不被接受，公安机关可向上一级人民检察院提请复核，以维护法律的公正和权威。

五、后续处理与总结反思

1. 行政违法行为处理

   • 对于被不起诉人可能涉及的行政违法行为，公安机关会依法进行调查处理，并将处理结果及时通知检察院，以确保法律的全面实施。

2. 总结反思与改进

   • 整个处理过程结束后，公安机关会对侦查工作进行全面的总结与反思。深入分析证据不足的原因，查找侦查工作中的不足和漏洞，不断改进侦查策略和手法，以提升侦查工作的精确性和效率。

综上所述，当案件存疑时，公安机关会严格按照法律法规和程序规定，采取一系列措施确保案件的公正、公平处理。同时，公安机关也会充分保护犯罪嫌疑人的合法权益，确保法律的正确实施。