核心结论：合作做生意时对方要退出，清算主要涉及资产盘点与评估、债务梳理与承担、利润或亏损分配这几个关键环节，具体清算方式需依据合作协议约定以及实际情况来确定。以下为你详细阐述：
依据合作协议清算
- 查看协议约定：如果双方在合作之初签订了详细的合作协议，那么协议中通常会明确规定在合作终止或一方退出时的清算方式和流程。比如，协议可能约定了资产如何评估、债务如何分担、利润或亏损如何分配等具体事项。在这种情况下，双方应严格按照协议的约定进行清算。
- 执行清算条款：按照协议，先对合作期间的资产进行全面盘点，包括固定资产（如设备、房产等）和流动资产（如现金、存货等），并依据协议约定的评估方法确定资产价值。对于债务，明确各自应承担的份额，按照约定进行偿还。最后，根据协议规定的利润或亏损分配方式，对剩余资产进行分配。
无合作协议或协议不明确时的清算
- 资产盘点与评估
- 全面盘点：双方共同对合作期间的各项资产进行清查，制作详细的资产清单，注明资产的名称、数量、规格、购置时间等信息。
- 合理评估：对于资产的价值，可以协商确定评估方法，如采用市场比较法、成本法等。如果双方无法就评估方法达成一致，可以委托专业的评估机构进行评估。评估机构应具有相应的资质和经验，以确保评估结果的公正性和准确性。
- 债务梳理与承担
- 梳理债务：对合作期间产生的所有债务进行全面梳理，包括应付账款、借款、税费等。明确每一笔债务的债权人、债务金额、债务期限等信息。
- 协商承担：根据双方的出资比例、合作过程中的贡献等因素，协商确定债务的承担比例。如果无法协商一致，按照法律规定，通常按照出资比例或盈余分配比例来承担债务。但需要注意的是，对于以个人名义为合作项目所借的债务，即使超出出资比例，个人也可能需要承担连带责任。
- 利润或亏损分配
- 确定盈亏：在完成资产盘点和债务梳理后，计算出合作期间的利润或亏损总额。利润或亏损的计算应按照会计准则和相关法律法规的规定进行，确保数据的真实性和准确性。
- 协商分配：双方根据实际情况协商确定利润或亏损的分配方式。如果没有特殊约定，一般按照出资比例进行分配。但如果一方在合作过程中付出了更多的劳动或承担了更多的风险，也可以适当调整分配比例。
特殊情况处理
- 存在隐形资产或债务：如果在清算过程中发现存在未记录在账的隐形资产或债务，双方应再次进行协商，确定如何处理这些资产和债务。如果协商不成，可以通过法律途径解决。
- 一方不配合清算：如果一方拒绝配合清算工作，另一方可以收集相关证据，如合作协议、财务记录、沟通记录等，向法院提起诉讼，要求对方配合清算，并按照法律规定或协议约定承担相应的责任。
在清算过程中，双方应保持沟通和协商，尽量通过友好方式解决分歧。如果遇到复杂的法律问题或无法协商一致的情况，你可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和解决方案。