针对您提出的“未办理设施农业用地审批如何处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，设施农业用地虽然按农用地管理，但经营者必须依法履行备案程序。这是确保设施农业用地合法、合规使用的重要前提。
一、未办理设施农业用地审批（备案）的性质
未办理设施农业用地审批（备案）即擅自动工建设，通常会被认定为违法占地行为。这一认定基于多个因素，包括但不限于：未提交建设方案、用地协议等必要材料，未经乡镇政府出具备案意见，且未与相关权利人协商一致即擅自动工建设。
二、可能的处罚措施
责令限期改正：
- 土地管理部门在发现未办理设施农业用地审批（备案）的情况后，通常会首先责令当事人限期改正，即要求其在规定期限内补办相关手续。
罚款：
- 如果当事人拒不办理设施农业用地手续，或者其附属设施用地、配套设施用地中涉及改变农用地性质的部分，土地管理部门可能会依照《土地管理法》等相关法律法规的规定，对其处以罚款。罚款的数额通常根据违法占地的面积、性质以及造成的后果等因素来确定。
- 例如，有地区曾提出（但未最终采纳）按占用面积处耕地开垦费二倍以上五倍以下的罚款的规定，这显示了罚款力度可能与违法占地的严重程度相关。
限期拆除、恢复土地原状：
- 在严重违法的情况下，如擅自或变相将设施农业用地用于非农建设、违规占用永久基本农田等，土地管理部门可能会责令当事人限期拆除违法建筑、恢复土地原状，并可能处以更严厉的罚款或其他行政处罚。
三、特殊情况的处理
- 对于确实属于农村道路和设施农业项目，但未办理设施农用地手续、未上图入库的情况，如果当事人能够积极配合土地管理部门的工作，并在规定期限内完善设施农用地手续，土地管理部门可能会酌情减轻或免除处罚。
- 另外，有观点认为农民占用一般耕地搞养殖项目属于农业内部结构调整，即“非粮化”而非“非农化”，对未备案的应宽容处理，以补办备案手续为主。然而，这一观点并非普遍适用，具体还需根据当地政策法规和实际情况来判断。
四、建议
- 作为设施农业用地的经营者，应严格遵守相关法律法规和政策规定，及时办理设施农业用地审批（备案）手续，确保用地合法、合规。
- 如果遇到乡镇政府不予办理备案手续的情况，可以向县级自然资源主管部门反映情况并寻求帮助。
- 在接到土地管理部门的整改通知或处罚决定后，应积极配合工作，按照要求限期改正或接受处罚。
综上所述，未办理设施农业用地审批（备案）即擅自动工建设属于违法占地行为，可能面临责令限期改正、罚款、限期拆除并恢复土地原状等处罚措施。因此，建议经营者务必遵守相关法律法规和政策规定，确保用地合法、合规。