设施农用地用于养殖但未办理相关手续，将面临责令限期改正、罚款、恢复土地原状等处罚措施，具体处罚需根据违法情形和法律规定综合判定。以下从不同角度详细分析：

一、法律责任类型

1. 行政责任

   • 责令限期改正：根据《土地管理法》第七十七条，未经批准或采取欺骗手段骗取批准非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。对于设施农用地养殖未办理手续的情况，相关部门会首先责令限期改正，即要求养殖户在规定期限内补办相关手续或恢复土地原状。
   • 罚款：若养殖户在规定期限内未改正违法行为，根据《土地管理法》第七十七条，非法占用土地的，可以并处罚款，罚款标准为非法占用土地每平方米100元以上1000元以下。具体罚款数额会根据非法占用土地的面积、性质以及情节严重程度等因素综合确定。
   • 恢复土地原状：对于非法占用的土地，相关部门有权要求养殖户恢复土地原状，即拆除在非法占用土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地至未被占用前的状态。

2. 刑事责任（极端情况）

   • 如果养殖户非法占用基本农田五亩以上或者基本农田以外的耕地十亩以上，且造成耕地大量毁坏的，根据《刑法》第三百四十二条，可能构成非法占用农用地罪，将面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的刑事处罚。

二、处罚的考量因素

1. 违法情形：包括非法占用土地的面积、性质（如是否为基本农田）、养殖规模、是否存在欺骗手段等。
2. 情节严重程度：如是否对土地造成严重破坏、是否拒不改正违法行为等。
3. 地区差异：不同地区可能根据当地实际情况制定具体的处罚标准和细则。

三、建议措施

1. 立即停止违法行为：养殖户应立即停止在非法占用土地上进行养殖活动，避免进一步扩大违法后果。
2. 积极补办手续：尽快向当地自然资源主管部门咨询并补办相关手续，以合法化养殖活动。
3. 配合调查与处理：在相关部门进行调查时，养殖户应积极配合，如实提供相关信息和证据。
4. 寻求法律帮助：如对处罚决定有异议或面临复杂的法律问题，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。