检察院出具不予起诉决定书后，用人单位的处理方式需结合具体情形，通常包括以下两种情况：

1. 若员工行为不构成犯罪，用人单位一般不得以此为由解除劳动合同
   根据《刑事诉讼法》第177条，检察院作出不起诉决定意味着员工行为未被认定为犯罪。此时，用人单位若以“被追究刑事责任”为由解除劳动合同（依据《劳动合同法》第39条第六项），可能构成违法解除。
   建议处理方式：
   

• 核查员工行为是否违反公司规章制度（如旷工、职务侵占等），若存在其他违纪行为，可依据规章制度处理；
  
• 若无其他违纪情形，建议恢复劳动关系或协商解除（需支付经济补偿）。

1. 若员工行为涉嫌违法但未达刑事标准，用人单位可依内部规定处理
   若检察院不起诉是基于“情节显著轻微”（如酌定不起诉），但员工行为可能违反《治安管理处罚法》或公司规章制度（如打架斗殴、贪污公款未达刑事立案标准），用人单位可：
   

• 依据《劳动合同法》第39条第二项（严重违反规章制度）解除合同；
  
• 若行为较轻，可给予警告、降薪等纪律处分。
  关键点：需确保公司规章制度已明确规定相关行为属于违纪，且处罚程序合法（如经工会或职工代表大会同意）。

补充说明：

• 程序合规性：无论何种处理方式，用人单位均需保留书面证据（如不起诉决定书、违纪调查记录、规章制度公示证明等），避免因程序瑕疵被认定为违法解除。
  
• 经济补偿风险：若用人单位违法解除，员工可能主张继续履行合同或要求支付赔偿金（2N倍工资）。
  

行动建议：

1. 立即调取员工档案，核查其行为是否涉及其他违纪条款；
   
2. 咨询律师审查公司规章制度合法性及解除程序合规性；
   
3. 与员工协商解除方案，降低法律风险。
   

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