工程合同未注明违约赔偿时，可通过协商、依据法律规定或实际损失来确定赔偿方式。具体分析如下：

1. 双方协商补充约定
   根据《民法典》第五百一十条，合同生效后当事人可就质量、价款等未约定事项补充协议。若工程合同未明确违约赔偿，双方可通过协商签订补充协议，明确违约责任形式（如支付违约金、赔偿损失等）及计算方式。协商结果需符合公平原则，不得显失公平或恶意串通损害第三方利益。

2. 依据法律规定确定赔偿
   若协商未果，可依据《民法典》第五百八十四条处理：

   • 赔偿范围：违约方需赔偿守约方因违约造成的实际损失（包括合同履行后可获利益），但不得超过违约方订立合同时预见到或应当预见到的损失。
     
   • 举证责任：守约方需提供证据证明损失金额（如工程延期导致的租金损失、材料涨价差价等），法院或仲裁机构将根据证据认定赔偿数额。
     
   • 例外情形：若违约方能证明守约方未采取减损措施导致损失扩大，可主张免除扩大部分的赔偿责任。

3. 参考行业惯例或交易习惯
   在建设工程领域，若合同未约定违约赔偿，可参考《建设工程施工合同（示范文本）》或当地行业协会发布的计价规范。例如，工期延误违约金可能按日万分之三至五计算，但需结合具体合同履行情况调整。

建议行动步骤：

1. 立即书面通知违约方，固定违约事实（如发送《违约告知函》并留存送达证据）；
   
2. 收集损失证据（如合同、发票、第三方评估报告等）；
   
3. 优先通过协商或调解解决，降低维权成本；
   
4. 若协商无果，可在诉讼/仲裁时效内（通常3年）提起法律程序。
   

风险提示：

• 未约定违约赔偿不意味着无需赔偿，但守约方需承担更重的举证责任；
  
• 若主张可得利益损失，需证明该利益具有确定性（如已签订的下游合同）；
  
• 避免采取非法手段维权（如停工、扣押设备），否则可能承担侵权责任。
  

如有具体合同条款或损失明细，可进一步分析赔偿方案。