针对不合法厂房因历史遗留问题未完成抵押拍卖过户，撤销抵押登记和过户登记需分情况处理，核心程序如下：

1. 撤销抵押登记的程序

若厂房本身因规划、用地等手续不合法（如未取得建设工程规划许可证、未通过竣工验收等），抵押登记可能因基础权利瑕疵而无效，可通过以下程序撤销：

• 行政诉讼途径：

  • 起诉抵押登记机关：以抵押登记行为违法（如未尽审查义务、违反法定程序）为由，向法院提起行政诉讼，请求撤销抵押登记。
    
  • 关键证据：需提供厂房不合法的证明（如规划部门认定违建的文件、未取得产权证的记录等），以及抵押登记时未如实披露瑕疵的证据（如抵押合同、登记申请材料）。
    
  • 法律依据：根据《行政诉讼法》第70条，若抵押登记行为主要证据不足、适用法律错误或违反法定程序，法院可判决撤销。
    

• 民事诉讼途径：

  • 确认抵押合同无效：若抵押合同因违反法律强制性规定（如《民法典》第399条“依法被查封、扣押、监管的财产不得抵押”）而无效，可向法院起诉确认合同无效，进而要求抵押人配合注销登记。
    
  • 注意时效：诉讼时效为3年，自知道或应当知道权利受损之日起计算。
    

2. 撤销过户登记的程序

若厂房已通过拍卖程序完成过户，但因厂房不合法导致过户登记基础丧失，可通过以下方式撤销：

• 行政诉讼撤销过户登记：

  • 起诉不动产登记机构：以过户登记行为违法（如未核实厂房合法性、未依法公示）为由，请求法院撤销过户登记。
    
  • 关键证据：需证明厂房不合法（如行政处罚决定、规划部门认定文件），以及登记机构未尽审查义务的证据（如拍卖公告未披露瑕疵、登记材料虚假等）。
    

• 执行异议或第三人撤销之诉：

  • 若过户基于法院拍卖裁定：可向执行法院提出书面异议，主张拍卖标的违法导致过户无效（《民事诉讼法》第232条）；若裁定驳回，可在15日内提起执行异议之诉。
    
  • 若过户损害其他债权人利益：其他债权人可提起第三人撤销之诉，请求撤销过户登记（《民事诉讼法》第59条）。
    

3. 历史遗留问题的特殊处理

若厂房因历史原因未取得合法手续（如早期建设未补办证件），需结合地方政策处理：

• 申请补办手续：部分地区允许对历史遗留违建补办规划、用地手续，若能补办成功，可消除抵押和过户的障碍。
  
• 行政协调：可尝试通过当地政府、自然资源部门协调，确认厂房现状并出具合法性认定文件，作为撤销登记的依据。
  

4. 风险提示

• 时效限制：行政诉讼需在知道登记行为之日起6个月内提起，民事诉讼需在3年内主张权利。
  
• 证据收集：需全面调取厂房规划、建设、抵押、拍卖等环节的档案材料，固定违法事实。
  
• 程序衔接：撤销抵押登记和过户登记可能需同步推进，避免因部分程序滞后影响整体结果。
  

建议：根据厂房具体违法情形、抵押拍卖流程及地方政策，选择最优路径。如有进一步细节（如厂房所在地区、违法类型、抵押拍卖时间等），可向我补充说明，以便提供更精准的方案。