核心结论需分情况讨论，具体如下：
若该款项属于员工代收的公司业务款项，且已实际交付给公司
根据《民法典》第162条关于代理的规定，员工代收行为属于职务代理，法律后果直接归属于公司。此时需核查：
- 员工是否留存款项交付凭证（如转账记录、收据、公司盖章确认的交接单等）；
- 公司是否曾出具授权委托书明确代收权限；
- 是否存在员工私自截留款项的异常情形。
建议：若交付凭证完备，公司无权再主张该款项；若凭证缺失但公司已实际使用资金（如入账、用于经营），可通过补充书面确认文件固定事实。
若该款项属于员工代收但未交付给公司
需区分主观恶意与过失：
- 恶意侵占：若员工通过伪造单据、虚构交易等方式非法占有，可能涉嫌《刑法》第271条职务侵占罪（数额较大标准为6万元以上），公司可向公安机关报案并提起刑事附带民事诉讼追偿；
- 过失未交付：如因管理疏漏导致款项滞留，公司可依据《劳动合同法》第30条主张员工返还，并可通过内部规章制度（如《财务管理制度》）追究其管理责任。
关键证据：代收原始凭证、公司催缴记录、员工书面说明等。
若款项性质存在争议（如员工主张为个人借款或业务提成）
需结合以下要素综合判断：
- 款项来源：是否与公司业务直接相关（如客户支付货款 vs. 员工个人借款）；
- 交付对象：收款方是否明确知晓款项归属（如客户备注“代XX公司收款”）；
- 公司惯例：是否存在允许员工代收后统一结算的惯例。
建议：通过书面协议明确款项性质，避免口头约定；若已产生纠纷，可申请司法鉴定（如资金流向追踪）或启动民事诉讼程序确认权属。
实务提示：
- 公司应完善《资金管理制度》，明确代收权限、审批流程及交接时限；
- 员工代收后需在24小时内向公司财务报备，并保留交付凭证至少5年；
- 若涉及跨境支付或大额资金，建议通过银行公对公账户操作以规避风险。
如有具体证据材料或细节需要进一步分析，可直接向我提供详细信息。