在交通事故中，非机动车和机动车负同等责任且医药费超过交强险的情况下，赔付方式如下：
交强险优先赔付：首先，由机动车一方的交强险在责任限额内进行赔付。交强险的医疗费用赔偿限额通常为18000元（具体以当地政策为准），这部分费用会优先用于赔付受害者的医药费。
超出交强险部分的分担：如果医药费超出了交强险的医疗费用赔偿限额，那么超出的部分将按照事故责任比例进行分担。由于双方负同等责任，所以超出的医药费部分，机动车和非机动车方将各自承担50%。
机动车方的商业险赔付：如果机动车方购买了商业第三者责任险，那么超出交强险部分且应由机动车方承担的医药费，可以由商业险进行赔付。商业险的赔付限额和范围将依据保险合同的约定来确定。
非机动车方的自付与可能的赔偿：非机动车方需要自行承担其应分担的超出交强险部分的医药费。同时，如果非机动车方在事故中也受到了损失（如车辆损坏、人身伤害等），并且这些损失超出了其自身保险的赔付范围，非机动车方也有权向机动车方主张相应的赔偿，但同样需要按照责任比例进行分担。
举例说明：假设医药费总额为50000元，交强险赔付了18000元，那么超出的部分为32000元。按照同等责任，机动车和非机动车方各自承担16000元。如果机动车方有商业险，那么这16000元可以由商业险赔付；非机动车方则需要自行承担16000元，但如果其也有损失且超出了保险赔付范围，也可以向机动车方主张相应的赔偿（但同样要按责任比例分担）。
在处理此类事故时，建议双方先通过协商解决赔付问题。如果协商不成，可以寻求交警部门的调解或者通过法律途径解决。在整个过程中，保留好所有相关的医疗费用票据和事故处理文件是非常重要的，以便在需要时提供证明。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。