结论：员工是否会被拘留，取决于员工是否知情工厂未办理相关证照以及员工在工厂中的具体角色和行为。若员工不知情且未参与非法活动，则一般不会被拘留；若员工知情或参与非法活动，则可能面临法律责任。
分析：
员工不知情且未参与非法活动：
- 在这种情况下，员工通常被视为无辜的第三方，他们可能并不清楚工厂未办理相关证照的情况，也没有参与任何非法活动。
- 根据法律原则，对于不知情且未参与非法活动的员工，法律通常不会追究其责任，因此他们一般不会被拘留。
员工知情或参与非法活动：
- 如果员工知道工厂未办理相关证照，并且仍然选择在那里工作，或者甚至参与了工厂的非法活动（如生产假冒伪劣产品、偷税漏税等），那么他们就可能面临法律责任。
- 在这种情况下，员工可能被视为共犯或从犯，根据具体情节的严重程度，他们可能会受到行政处罚或刑事处罚，包括拘留。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，对于共同犯罪或从犯，法律会根据其在犯罪中的作用和情节进行处罚。如果员工知情并参与了非法活动，他们可能构成共同犯罪或从犯，从而面临法律责任。
- 建议：
- 对于员工而言，如果发现工厂未办理相关证照或存在其他非法活动，应立即向相关部门举报，并尽快离开该工厂，以避免卷入法律纠纷。
- 如果员工已经被拘留或面临法律指控，应尽快咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并寻求法律援助。
特殊情况说明：
- 如果工厂未办理的证照涉及的是安全生产、环境保护等关键领域，且员工在明知工厂存在严重安全隐患或环境污染的情况下仍然继续工作，那么员工可能面临更严重的法律责任。
- 在某些情况下，即使员工不知情，但如果他们的工作性质与工厂的非法活动密切相关（如直接参与生产假冒伪劣产品），他们也可能因“应当知道”而承担一定的法律责任。
总结：员工是否会被拘留取决于多种因素，包括他们是否知情、是否参与非法活动以及工厂未办理的证照类型等。因此，无法一概而论。如果员工面临类似情况，建议尽快咨询专业律师以获取更具体的法律建议。