在工程结算单上约定的付款时间与合同冲突时，法律上一般以工程结算单的约定为准，但需结合具体情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

1. 从合同变更的角度
   工程结算单本质上是双方对工程价款等事项的最终确认文件，可视为对原合同的补充或变更。若结算单明确约定了新的付款时间，且双方签字盖章确认，通常视为对原合同付款条款的修改。根据《民法典》第五百四十三条，当事人协商一致可以变更合同，此时应以结算单的约定为准。
   例外情形：若结算单的变更存在欺诈、胁迫、显失公平等情形，受损方可依据《民法典》第一百四十七条至第一百五十一条请求撤销或变更结算单内容。

2. 从结算单的性质角度
   结算单是工程竣工后双方对工程量、价款等核心条款的最终确认文件，具有“结算协议”的性质。根据司法实践，结算协议的效力通常优先于原合同，除非结算协议本身存在无效情形（如恶意串通损害第三方利益）。因此，若结算单明确约定了付款时间，即使与原合同冲突，也应以结算单为准。

3. 从交易习惯与行业惯例角度
   工程领域中，结算单往往被视为双方对工程价款的“最终对账单”，其约定通常具有终局性。若结算单的付款时间约定符合行业惯例（如竣工后一定期限内支付），且双方未在结算单中明确保留原合同条款的效力，法院或仲裁机构可能倾向于认定结算单的约定更符合双方真实意思表示。

建议：

• 若你是承包方，需在结算单中明确写明“本结算单作为原合同的补充协议，与原合同冲突的条款以本结算单为准”，并要求双方签字盖章；
  
• 若你是发包方，需仔细核对结算单的付款时间与原合同是否一致，若存在冲突，应及时提出异议并协商修改，避免后续纠纷；
  
• 无论哪一方，均建议保留结算单的签订过程证据（如会议纪要、沟通记录等），以证明双方对付款时间的变更达成合意。
  

如有具体案件细节或合同条款需要分析，可直接向我咨询，我会结合实际情况为你提供更精准的建议。