违章建筑厂房的转让合同一般不受法律保护。以下从几个角度进行详细分析：
违章建筑的定义与性质：
- 违章建筑，通常指的是未经规划、建设等部门批准，擅自搭建的建筑物或构筑物。这类建筑由于违反了相关法律法规，因此其存在本身就不具有合法性。
合同效力的判断标准：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的有效性取决于其内容是否合法、是否违反公序良俗等。对于涉及违章建筑的转让合同，由于其标的物（即违章建筑）本身不合法，因此该合同很可能因违反法律强制性规定而被认定为无效。
法律后果与风险：
- 如果转让合同被认定为无效，那么双方基于该合同所进行的交易行为将不受法律保护。这意味着，如果买方已经支付了款项，可能难以通过法律途径追回；同时，如果卖方在转让后因违章建筑被拆除或受到其他处罚，买方也可能因此遭受损失。
- 此外，参与违章建筑交易还可能面临行政处罚的风险。根据相关法律法规，对于擅自搭建、买卖违章建筑的行为，相关部门有权进行处罚，包括罚款、拆除违章建筑等。
特殊情况下的考量：
- 尽管一般情况下违章建筑厂房的转让合同不受法律保护，但在某些特殊情况下，如违章建筑已经通过补办手续等方式获得了合法身份，或者双方在合同中明确约定了相关风险及责任承担方式等，该合同可能在一定程度上受到法律保护。然而，这种情况相对较少，且需要具体案件具体分析。
建议：
- 对于买方而言，在购买厂房前应仔细核查其合法性，避免购买违章建筑。如果确实需要购买存在瑕疵的厂房，应在合同中明确约定相关风险及责任承担方式，并咨询专业律师的意见。
- 对于卖方而言，应如实告知买方厂房的实际情况，避免隐瞒或虚假陈述导致合同无效或引发其他法律纠纷。同时，也应积极配合买方办理相关手续，确保交易的合法性和安全性。
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