公司无故扣工资，劳动者完全有权申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条：明确规定了用人单位未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。无故扣工资即属于未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的情形。
《中华人民共和国劳动法》第五十条：规定工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条：明确规定了因劳动报酬等发生的争议，劳动者可以申请劳动仲裁。工资扣除显然属于劳动报酬争议的范畴。
二、可申请劳动仲裁的情形
用人单位无故克扣工资：若劳动者正常出勤且完成了工作任务，但用人单位无任何合法理由扣除工资，劳动者有权申请劳动仲裁。
规章制度不合法导致的扣工资：如果用人单位依据内部规章制度扣除工资，但该规章制度的制定程序不合法或内容违反法律法规，如规定迟到一次扣除当天全部工资等过于严苛的条款，劳动者同样可以申请劳动仲裁。
恶意以罚款形式扣除工资：用人单位通常不具有罚款权。若企业滥用罚款权，以各种名义对劳动者进行罚款，实际上是变相扣除工资，劳动者也能通过劳动仲裁维护权益。
三、申请劳动仲裁的流程
准备证据：劳动者需要确保有充分的证据来证明工资被无故扣除，如工资条、银行转账记录、劳动合同、考勤记录以及与用人单位关于扣工资的沟通记录（如聊天记录、邮件等）。这些证据是仲裁过程中证明自身权益的关键。
提交仲裁申请书：向当地的劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，并提交书面仲裁申请书。申请书应载明劳动者和用人单位的基本信息、仲裁请求（如要求支付被扣工资及赔偿金）、事实和理由、证据及来源等。
仲裁受理：仲裁委员会将在收到申请后五日内作出受理或不予受理的决定，并通知劳动者。若决定受理，将向用人单位送达申诉书副本。
开庭审理与调解：仲裁庭将安排开庭日期，并听取双方陈述和辩论。在查明事实的基础上，仲裁庭会先行调解，促使双方自愿达成协议。若调解成功，将制作调解书；若调解不成，则及时裁决。
仲裁裁决：仲裁庭应在受理申请之日起四十五日内结束案件审理。案情复杂需延期的，经批准可延长十五日。裁决后，将制作仲裁书送达双方。如对裁决不服，可在收到裁决书之日起十五日内向人民法院起诉。但需注意，在仲裁裁决作出前，劳动者应确保自己的仲裁请求在法律规定的时效内，即一般应在扣工资行为发生之日起一年内提起仲裁。
四、注意事项
仲裁时效：劳动者应在扣工资行为发生之日起一年内提起仲裁，以确保符合《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》规定的仲裁时效。
积极配合仲裁庭：在整个仲裁流程中，劳动者应积极配合仲裁庭的工作，提供必要的证据和材料，并按时参加庭审等活动。
执行保障：若仲裁裁决公司应返还被扣工资而公司拒不执行，劳动者可通过法院申请强制执行，确保裁决得到落实。
总结来说，面对公司无故扣工资的行为，劳动者不仅有权而且应该积极通过劳动仲裁途径来维护自己的合法权益。在申请过程中，务必准备充分、遵循程序，并注意时效与执行问题，以确保自身权益得到有效保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。