合同暂停履行超过三年，首先需明确暂停履行的原因及合同中是否有相关约定，再根据不同情况采取相应措施。以下从多个角度进行分析：
一、合同中有明确约定暂停履行期限及后续处理方式
若合同中明确约定了暂停履行的期限，并且也约定了暂停履行期限届满后的处理方式（如继续履行、解除合同等）：
- 则双方应按照合同约定执行。例如，合同约定暂停履行三年，三年后继续履行，则双方应在三年后按照原合同约定继续履行各自义务。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百零九条，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。
若合同中约定了暂停履行的期限，但未约定暂停履行期限届满后的处理方式：
- 双方应协商确定后续处理方式。协商不成的，可以根据合同的性质、目的和交易习惯等因素，确定是否继续履行、解除合同或采取其他补救措施。
- 建议：在此情况下，建议双方及时沟通，明确后续意向，并签订书面协议以确认，避免产生不必要的纠纷。
二、合同中未明确约定暂停履行期限及后续处理方式
若因不可抗力或对方违约等原因导致合同暂停履行，且合同中未约定暂停履行期限及后续处理方式：
- 遭受不可抗力或对方违约的一方应及时通知对方，并在合理期限内提供证明。双方应协商确定后续处理方式，如继续履行、解除合同或要求对方承担违约责任等。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百九十条（不可抗力）和第五百七十七条（违约责任），当事人一方因不可抗力不能履行合同的，根据不可抗力的影响，部分或者全部免除责任，但是法律另有规定的除外；当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
- 特殊情形：若合同暂停履行超过三年，且双方均未提出异议或采取措施，可能视为双方以实际行为变更了原合同，此时需根据实际情况判断合同是否继续有效及后续处理方式。
若合同暂停履行并非因不可抗力或对方违约等原因导致，而是双方协商一致暂停履行：
- 双方应明确暂停履行的期限及后续处理方式，并签订书面协议以确认。若未明确期限及后续处理方式，且合同暂停履行超过三年，双方可能因对合同后续履行产生分歧而引发纠纷。
- 建议：在此情况下，建议双方尽快协商并签订书面协议，明确后续处理方式，以避免纠纷的发生。
三、合同暂停履行超过三年的法律后果及应对措施
法律后果：
- 若合同因一方违约或不可抗力等原因暂停履行超过三年，且双方未就后续处理方式达成一致，可能面临合同解除、要求违约方承担违约责任等法律后果。
- 若合同因双方协商一致暂停履行超过三年，且未明确后续处理方式，可能因合同目的无法实现或双方对合同履行产生分歧而引发纠纷。
应对措施：
- 及时沟通：双方应尽快就合同暂停履行的原因、期限及后续处理方式进行沟通，并尝试达成一致意见。
- 签订书面协议：无论双方就后续处理方式达成何种意见，均应签订书面协议以确认，避免口头约定带来的不确定性。
- 寻求法律救济：若双方无法就后续处理方式达成一致，且合同目的无法实现或一方存在违约行为，受损方可以寻求法律救济，如起诉要求解除合同、继续履行、赔偿损失等。
综上所述，合同暂停履行超过三年时，双方应首先明确暂停履行的原因及合同中是否有相关约定。若有约定，则按照约定执行；若无约定，则双方应协商确定后续处理方式，并签订书面协议以确认。若双方无法达成一致意见，且合同目的无法实现或一方存在违约行为，受损方可以寻求法律救济。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。