公司实际控制人侵占公司资金和财产属于严重的违法行为，可通过刑事追责、民事追偿、行政处罚及内部治理完善等途径处理。具体分析如下：

1. 刑事追责
   若实际控制人通过虚构交易、隐匿收入、挪用资金等手段侵占公司财产，可能构成《刑法》中的职务侵占罪（第271条）或挪用资金罪（第272条）。

   • 职务侵占罪：数额较大的（6万元以上），处三年以下有期徒刑或拘役；数额巨大的（100万元以上），处三年以上十年以下有期徒刑；数额特别巨大的（1500万元以上），处十年以上有期徒刑或无期徒刑。
     
   • 挪用资金罪：若资金用于个人使用或借贷给他人，数额较大（10万元以上）且超过三个月未还，或进行营利活动（数额较大，如6万元以上），或进行非法活动（数额较大，如6万元以上），可处三年以下有期徒刑或拘役；数额巨大（400万元以上）或拒不退还的，处三年以上十年以下有期徒刑。
     行动建议：公司应立即向公安机关报案，提交审计报告、银行流水、合同等证据，启动刑事立案程序。

2. 民事追偿
   公司可通过民事诉讼要求实际控制人返还侵占财产并赔偿损失。

   • 法律依据：《民法典》第83条（营利法人的出资人滥用权利损害法人利益，应承担赔偿责任）、第122条（不当得利返还）。
     
   • 诉讼策略：
     
     • 确认实际控制人身份（通过股权结构、控制协议、决策记录等证明）；
       
     • 举证侵占行为（如资金流向、财产转移记录）；
       
     • 主张返还财产及利息，或要求赔偿因侵占导致的经营损失（如融资成本增加、项目停滞等）。
       行动建议：同步申请财产保全，防止实际控制人转移资产；若公司已进入破产程序，可由管理人代表公司追偿。

3. 行政处罚
   若侵占行为涉及税务、市场监管等违规，可能触发行政处罚。

   • 税务违法：如通过隐匿收入逃税，税务机关可追缴税款、滞纳金，并处0.5倍至5倍罚款；构成犯罪的，移送司法机关。
     
   • 市场监管违法：如虚假出资、抽逃出资，市场监管部门可责令改正、罚款（抽逃出资的，处抽逃出资金额5%-15%的罚款）。
     行动建议：向税务、市场监管部门举报，配合调查并提供证据。

4. 公司内部治理完善

   • 修订章程：明确实际控制人权限边界，禁止越权决策；
     
   • 强化监督：设立独立董事或监事会，定期审计财务；
     
   • 股东协议：通过协议约定实际控制人违约责任（如股权回购、赔偿条款）；
     
   • 信息披露：要求实际控制人定期报告资金使用情况，接受股东质询。
     

综合建议：公司应优先通过刑事报案固定证据，同步启动民事诉讼追偿，并配合行政调查。若实际控制人拒不配合，可申请法院强制执行其财产。若公司治理存在漏洞，需及时完善以防范风险。如有具体证据或案件细节，可进一步向我咨询。