针对乡镇卫生院临时工涉及医疗违规资金的处理问题，这通常与卫生院整体的管理和运营紧密相关，而不仅仅是临时工个人的行为。不过，我可以根据一些典型案例，为您详细解释这类违规行为的处理流程和可能的结果。
首先，一旦发现乡镇卫生院存在医疗违规资金问题，如将不属于医保支付范围的费用纳入医保基金结算、重复收费、过度诊疗等，当地医疗保障局会立即介入调查。调查过程会详细审查相关医疗记录、收费凭证等，以确定违规的具体情况和涉及金额。
接下来，根据调查结果，医疗保障局会依据相关法律法规，如《医疗保障基金使用监督管理条例》等，对违规的乡镇卫生院作出处理决定。处理措施通常包括：
责令退回违规资金：要求卫生院将违规使用的医保基金全额退回，确保基金的安全和有效使用。
罚款：根据违规的严重程度和涉及金额，对卫生院处以一定数额的罚款，以起到惩戒作用。
违约金：在某些情况下，还可能要求卫生院支付违约金，作为对其违规行为的额外惩罚。
中止或终止医保服务协议：对于严重违规的卫生院，医疗保障局可能会中止或终止其医保服务协议，限制其参与医保相关服务的资格。
移交相关部门处理：如果违规行为涉及违法犯罪，医疗保障局还会将案件移交至公安机关或纪检监察机关进行进一步处理。
以您提供的两个典型案例为例：
在资阳市雁江区临江镇卫生院违规使用医保基金案中，卫生院被责令退回违规报销的医保基金，并处以罚款和违约金，同时中止了相关责任部门的医保服务协议。
在新田县枧头镇中心卫生院和新田县朝阳社区卫生服务站违规使用医保基金案中，两个卫生院同样被责令改正违法行为，追回违规使用的医保基金，并处以罚款。此外，相关违法违规问题还被移交至卫健局和纪委驻卫健局纪检组进行进一步处理。
因此，对于乡镇卫生院临时工涉及的医疗违规资金问题，处理流程通常包括调查、认定违规事实、依据法律法规作出处理决定，并可能涉及多个部门的协同处理。重要的是，卫生院应加强内部管理，提高员工的法律意识和合规意识，以避免类似违规行为的发生。