政府部门编外人员违规金额的处理需根据违规性质、金额大小及具体情节，结合党纪、行政法规及单位内部规定综合判定，通常包括追缴违规所得、纪律处分、行政处罚及刑事追责等措施。具体分析如下：

1. 违规金额的追缴与退还
   若编外人员通过违规手段获取利益（如虚报费用、截留公款、收受贿赂等），首先需追缴全部违规所得。根据《中华人民共和国刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物应予以追缴或责令退赔；若未构成犯罪，根据《中华人民共和国监察法》第四十六条，监察机关可对违法取得的财物依法予以没收、追缴或责令退赔。单位内部也可依据规章制度要求违规人员退还违规金额。

2. 纪律处分与内部处理
   编外人员虽非公务员，但若与政府部门存在劳动关系或劳务派遣关系，其违规行为可能违反单位规章制度或《中华人民共和国公职人员政务处分法》（若适用）。根据情节轻重，可给予警告、记过、降级、解聘等处分。例如，若违规金额较小且属初犯，可能仅给予警告或记过；若金额较大或存在多次违规，可能直接解除劳动合同或劳务派遣关系。

3. 行政处罚与刑事追责

   • 行政处罚：若违规行为违反《中华人民共和国治安管理处罚法》（如诈骗、侵占等），公安机关可对编外人员处以罚款、拘留等行政处罚。
     
   • 刑事追责：若违规金额达到刑事立案标准（如贪污罪、受贿罪、职务侵占罪等），需移送司法机关处理。根据《中华人民共和国刑法》第三百八十二条、第三百八十五条，国家工作人员利用职务便利侵吞、窃取、骗取公共财物或非法收受他人财物，数额较大的，构成贪污罪或受贿罪；编外人员若被认定为“国家工作人员”或“受委托管理国有财产的人员”，同样可能被追究刑事责任。此外，若违规行为构成诈骗罪、挪用资金罪等，亦需按相应罪名定罪处罚。

4. 单位责任与整改措施
   政府部门需对编外人员管理漏洞进行整改，例如完善财务审批制度、加强岗位监督、开展廉政教育等，以防止类似事件再次发生。若单位存在管理失职（如未履行监管职责导致违规行为持续发生），相关责任人可能被追究行政责任或党纪责任。

建议：若涉及具体案件，需结合违规金额、行为性质、证据情况等综合判断处理方式。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体情节提供详细法律分析。