工程款虚开发票属于违法行为，可能涉及行政处罚甚至刑事犯罪，必须立即停止并采取补救措施。以下从法律后果、补救措施、风险防范三个角度展开分析：
一、法律后果：虚开发票的刑事与行政责任
刑事责任
根据《刑法》第205条，虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，可能构成虚开发票罪。若虚开税款数额较大（通常10万元以上），可处3年以下有期徒刑或拘役；数额巨大（通常50万元以上）或特别巨大（通常250万元以上），最高可处无期徒刑。
即使未达到刑事立案标准，也可能因“虚开发票罪”（《刑法》第205条之一）被追究责任，最高可处7年有期徒刑。
行政责任
根据《发票管理办法》第37条，虚开发票的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可并处5万元以下罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下罚款。
若涉及偷逃税款，还需补缴税款、滞纳金，并处0.5倍至5倍罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
二、补救措施：如何降低法律风险
立即停止虚开行为
若已虚开发票但未被税务机关查处，应立即停止并收回已开具的发票，避免问题扩大。
主动向税务机关说明情况
根据《税收征收管理法》第52条，因纳税人计算错误等失误未缴或少缴税款的，税务机关可在3年内追征；若能主动补缴税款、滞纳金，可避免行政处罚或从轻处理。
若涉及刑事犯罪，自首（如主动投案并如实供述）可依法从轻或减轻处罚。
配合调查并整改
若已被税务机关或公安机关立案调查，应积极配合提供证据（如合同、付款记录等），证明虚开发票的具体情节（如是否为“善意取得”），争取减轻责任。
同时需整改内部财务管理制度，避免再次发生类似问题。
三、风险防范：工程款发票的合规要点
确保“三流一致”
工程款支付需满足“合同流、资金流、发票流”一致，即合同签订方、收款方、开票方必须为同一主体，避免通过第三方虚开发票。
审核发票真实性
通过税务机关官网或全国增值税发票查验平台核验发票真伪，避免接受伪造、变造或虚开的发票。
保留完整证据链
保存工程合同、施工记录、验收单、付款凭证等材料，证明业务真实性，防止被认定为“无真实交易虚开”。
若您已涉及虚开发票问题，建议立即整理相关合同、发票、付款记录等材料，并向我详细说明情况（如虚开金额、是否已补税、是否被调查等），以便进一步分析风险并制定应对方案。