虚开工程发票套取资金属于违法行为，将面临行政处罚、刑事处罚以及民事赔偿等多重法律后果，具体处理方式需根据行为性质、情节严重程度等因素综合判断。以下从法律定性、法律责任及应对建议三个角度展开分析：

一、法律定性：虚开发票套取资金的行为性质

根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条及《中华人民共和国刑法》第二百零五条，虚开发票行为包括：

1. 为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
2. 让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
3. 介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。

套取资金通常指通过虚开发票虚构工程成本，将资金转移至个人账户或用于非工程用途，本质是骗取公共财产或公司财产，可能同时触犯以下罪名：

• 虚开发票罪（行政或刑事）；
• 职务侵占罪（若行为人利用职务便利）；
• 贪污罪（若行为人具有国家工作人员身份）；
• 诈骗罪（若以非法占有为目的虚构事实）。

二、法律责任：根据情节严重程度分层处理

1. 行政责任

• 税务处罚：由税务机关责令改正，没收违法所得，并处1万元以上5万元以下罚款；情节严重的，处5万元以上50万元以下罚款（《发票管理办法》第三十七条）。
• 补缴税款及滞纳金：若虚开发票导致少缴税款，需补缴税款、加收滞纳金，并可能被处以不缴或少缴税款50%以上5倍以下罚款（《税收征收管理法》第六十三条）。

2. 刑事责任

• 虚开发票罪：情节严重的（如虚开发票金额50万元以上或虚开发票100份以上），处2年以下有期徒刑、拘役或管制，并处罚金；情节特别严重的，处2年以上7年以下有期徒刑，并处罚金（《刑法》第二百零五条之一）。
• 职务侵占罪/贪污罪：若行为人利用职务便利套取资金，数额较大的（如6万元以上），分别处3年以下有期徒刑或拘役至无期徒刑（《刑法》第二百七十一条、第三百八十二条）。
• 诈骗罪：若以非法占有为目的虚构工程事实骗取资金，数额较大的（如3000元至1万元以上），处3年以下有期徒刑、拘役或管制至无期徒刑（《刑法》第二百六十六条）。

3. 民事责任

• 赔偿损失：若套取资金导致公司或第三方经济损失，行为人需承担赔偿责任（《民法典》第一百七十九条）。
• 返还财产：若资金被转移至个人账户，需返还非法所得（《民法典》第一百二十二条）。

三、应对建议：分角色处理方案

1. 若为行为人

• 立即停止违法行为，主动向税务机关或公安机关投案自首，争取从轻或减轻处罚（《刑法》第六十七条）。
• 积极退赃，返还套取资金及违法所得，降低民事赔偿和刑事处罚风险。
• 配合调查，如实说明情况，避免被认定为“情节特别严重”或“主观恶性深”。

2. 若为公司

• 内部自查：立即核查工程发票真实性，固定证据（如合同、付款记录、工程进度等）。
• 报告税务机关：发现虚开发票行为后，需在30日内向税务机关报告（《发票管理办法》第三十七条）。
• 追究责任：对涉事员工或合作方提起民事诉讼或内部处分，必要时向公安机关报案。
• 完善内控：建立发票审核、资金支付等流程的合规机制，避免再次发生类似风险。

3. 若为受害方（如被套取资金的公司）

• 收集证据：保存发票、合同、银行流水等材料，证明资金流向与工程无关。
• 民事起诉：以“不当得利”或“侵权责任”为由，要求行为人返还资金并赔偿损失。
• 刑事报案：若行为涉嫌犯罪，向公安机关提交证据，推动刑事立案。

提示：虚开发票套取资金的行为风险极高，建议立即停止并咨询专业律师评估具体风险。若需进一步分析案件细节或制定应对策略，可直接向我提问。