针对公司虚开发票套取工程款的情况，您可以通过刑事报案、民事诉讼、行政举报三种主要途径追回款项，具体需结合证据情况、公司性质及资金流向综合选择。以下分情况详细说明：

1. 刑事报案：追究刑事责任并追缴赃款

若公司通过虚开发票套取工程款的行为涉嫌犯罪（如虚开发票罪、职务侵占罪、贪污罪等），可向公安机关经侦部门报案，要求立案侦查。

• 适用情形：
  
  • 公司或相关责任人伪造发票、虚构交易，套取资金数额较大（虚开发票罪立案标准为虚开税款数额1万元以上，或虚开发票100份以上且票面金额30万元以上）；
    
  • 资金被个人侵占或挪用（如项目经理将套取款项转入个人账户）。
    
• 操作步骤：
  
  1. 收集证据：包括合同、发票、付款记录、银行流水、内部审批文件、证人证言等，证明虚开发票及资金流向；
     
  2. 向公司所在地或犯罪行为发生地公安机关报案，提交证据材料；
     
  3. 公安机关立案后，若查实犯罪，会追缴赃款并发还被害人（如工程款实际支付方）。
     
• 注意事项：
  
  • 若您是公司内部员工或合作方，需注意自身是否涉及共同犯罪（如明知虚开发票仍协助），避免被牵连；
    
  • 刑事追缴优先于民事赔偿，但若赃款已被挥霍，可能无法全额追回。

2. 民事诉讼：要求返还工程款及赔偿损失

若虚开发票行为未构成犯罪，或刑事追缴后仍有损失，可向法院提起民事诉讼，要求公司返还套取的工程款并赔偿损失。

• 适用情形：
  
  • 公司通过虚开发票虚增成本，导致您实际支付的工程款被套取；
    
  • 合同中明确约定工程款支付方式，但公司未按约定履行，通过虚开发票转移资金。
    
• 操作步骤：
  
  1. 确定被告：若公司为独立法人，以公司为被告；若实际控制人或高管参与套取资金，可追加为共同被告；
     
  2. 收集证据：包括合同、发票、付款凭证、审计报告、沟通记录等，证明公司虚开发票及套取资金的事实；
     
  3. 起诉要求：返还被套取的工程款，并赔偿因违约或侵权造成的损失（如利息、维权费用等）。
     
• 注意事项：
  
  • 需证明公司存在主观恶意（如明知虚开发票仍实施）；
    
  • 若公司已无财产可供执行，可申请强制执行其股东财产（需证明股东未实缴出资或抽逃出资）。

3. 行政举报：通过税务机关追缴税款及罚款

若公司虚开发票行为涉及偷逃税款，可向税务机关举报，要求其查处并追缴税款，间接推动工程款返还。

• 适用情形：
  
  • 公司通过虚开发票虚增成本，减少应纳税所得额，偷逃企业所得税；
    
  • 虚开的发票被用于抵扣增值税进项税额，导致国家税款损失。
    
• 操作步骤：
  
  1. 向公司所在地税务机关举报，提交虚开发票的证据（如发票复印件、合同、付款记录等）；
     
  2. 税务机关查处后，会要求公司补缴税款及滞纳金，并处以罚款；
     
  3. 若公司因税务处罚资金紧张，可能被迫返还套取的工程款以缓解压力。
     
• 注意事项：
  
  • 行政举报不直接解决工程款返还问题，但可通过增加公司违法成本迫使其妥协；
    
  • 举报人信息受保护，但需确保举报内容真实，避免诬告风险。

综合建议

• 优先刑事报案：若证据充分且涉嫌犯罪，刑事追缴效率最高，且可能通过退赃直接挽回损失；
  
• 同步民事诉讼：在刑事报案同时提起民事诉讼，确保即使刑事追缴不足，也能通过民事判决强制执行；
  
• 谨慎选择举报时机：若公司仍有履行能力，可先通过协商或律师函施压，避免打草惊蛇导致资金转移。
  

如有进一步证据或具体情节，可向我补充说明，我会为您制定更详细的维权方案。