结论前置：物业是否有权强行清理楼顶种菜产生的垃圾，需根据楼顶的使用权归属及种菜行为是否违反相关规定来判断。总体上，若该行为违反了相关法律法规或物业服务合同的约定，且损害了全体业主的共同利益，物业有权进行管理和清除。
一、楼顶使用权归属的法律依据与分析
专有使用权情况：
- 若业主通过购房合同、产权登记等合法方式取得了楼顶的专有使用权（如顶层复式房屋且合同中明确约定），则业主对楼顶享有一定的自主使用和处分权。
- 在此情况下，只要业主的种菜行为不违反法律法规且不损害其他业主合法权益，物业一般无权擅自清除楼顶的种菜及垃圾。但需注意，即便享有专有使用权，业主也应保持楼顶的整洁，避免对公共环境造成不良影响。
共有部分情况：
- 根据《中华人民共和国民法典》第二百七十一条，小区楼顶作为共用设施，属于全体业主的共有部分。
- 根据《物业管理条例》第四十九条，不得改变公共建筑和共用设施的用途，因此擅自在楼顶种菜属于改变用途，违反了规定。
- 同时，《物业管理条例》第五十条也明确指出，业主和物业服务企业不得擅自占用共用部分，损害业主共同利益。在此情况下，物业有权对违规种菜行为进行制止，并清理由此产生的垃圾。
二、物业公司权利与义务的法律依据
权利：
- 物业公司对于违反规定在楼顶种菜的行为有权制止，并要求违规业主停止侵权行为、恢复原状。这包括清理由此产生的垃圾，以维护小区的公共环境和卫生。
- 如违规业主拒不改正，物业公司可向相关部门投诉或提起诉讼，维护全体业主合法权益。
义务：
- 物业公司需对物业管理区域内违反治安、环保、装饰装修和使用等方面法律、法规规定的行为进行制止，并及时向有关行政管理部门报告。这包括清理楼顶种菜产生的垃圾，确保小区环境的整洁和卫生。
三、实际操作建议与流程
调查取证：
- 物业公司应首先对楼顶情况进行详细调查，包括拍摄照片、记录视频等，以收集充分证据证明种菜行为的存在及由此产生的垃圾情况。
- 同时，走访相关业主，了解他们的意见和建议，确保处理过程的公正性和透明度。
法律咨询与明确规定：
- 物业公司应聘请法律顾问，咨询相关法律问题，明确楼顶空间的产权归属和使用规定。
- 向全体业主发出通知，明确告知楼顶空间的产权归属、使用规定以及违规种菜的后果，包括物业将采取的清理措施。
制止与清除：
- 对于违规种菜行为，物业公司应先尝试通过沟通、协商等方式要求业主自行清理垃圾并停止种菜行为。
- 如业主拒不清理，物业公司可依据相关法律法规和物业服务合同的约定进行强制清除，并确保过程合法合规。在清除过程中，物业应注意保护楼顶设施，避免造成不必要的损坏。
总结与建议：物业是否有权强行清理楼顶种菜产生的垃圾，需根据楼顶的使用权归属及种菜行为是否违反相关规定来判断。若业主享有专有使用权且种菜行为合法合规，物业应尊重业主的权益；若楼顶为共有部分且种菜行为违反了相关规定，物业则有权进行管理和清除。在实际操作中，物业应遵循调查取证、法律咨询与明确规定、制止与清除等流程，确保处理过程的合法性和公正性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。