在认罪认罚案件中，律师提出独立辩护并对事实提出疑问，并不必然影响认罪认罚的效力，但具体影响需视情况而定。以下从不同角度进行分析：

1. 认罪认罚的基本性质与律师独立辩护权

   • 认罪认罚是犯罪嫌疑人、被告人自愿承认指控的犯罪事实，并接受刑罚处罚的一种诉讼行为。它体现了被告人的诉讼主体地位和处分权。
   • 律师的独立辩护权是律师在刑事诉讼中依法享有的权利，包括独立发表辩护意见、对事实和法律问题进行质疑等。这是律师履行辩护职责、维护被告人合法权益的重要保障。

2. 律师提出独立辩护对事实提出疑问的影响

   • 不影响认罪认罚的自愿性：如果律师提出的疑问是基于对案件事实的深入分析和对法律规定的准确理解，且这些疑问并未改变被告人对指控犯罪事实的基本承认，那么这种疑问的提出并不违背被告人的自愿性，因此不影响认罪认罚的效力。
   • 可能影响认罪认罚的明智性：如果律师提出的疑问揭示了案件事实中的重大疑点或法律适用上的争议，这可能促使被告人重新审视自己的认罪认罚决定，考虑是否继续认罪认罚。在这种情况下，虽然律师的疑问本身不直接导致认罪认罚的无效，但可能间接影响被告人的决策过程。
   • 特定情形下可能导致认罪认罚的无效：如果律师提出的疑问直接指向了认罪认罚的非法性或不可靠性（如存在刑讯逼供、诱供等非法取证情形），且这些疑问得到了证实，那么根据相关法律规定，认罪认罚可能被视为无效。

3. 实务操作中的考量因素

   • 律师的沟通义务：律师在提出独立辩护并对事实提出疑问时，应与被告进行充分沟通，确保被告了解疑问的性质和可能的影响，以便被告作出明智的决策。
   • 法院的审查义务：法院在审理认罪认罚案件时，应对律师提出的疑问进行审查，确保认罪认罚的自愿性、合法性和明智性。如果法院认为律师的疑问具有合理性，且可能影响认罪认罚的效力，法院应依法进行调查核实，并根据调查结果作出相应处理。

4. 法律建议

   • 对于被告人而言，在认罪认罚前应充分了解案件事实和法律规定，与律师进行充分沟通，确保认罪认罚的自愿性和明智性。
   • 对于律师而言，在提出独立辩护并对事实提出疑问时，应基于对案件事实的深入分析和对法律规定的准确理解，确保疑问的合理性和合法性。同时，律师应与被告保持密切沟通，及时告知疑问的性质和可能的影响，以便被告作出明智的决策。

总结来说，律师在认罪认罚案件中提出独立辩护并对事实提出疑问，并不必然影响认罪认罚的效力。但律师应谨慎行使这一权利，确保疑问的合理性和合法性，并与被告进行充分沟通。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。