农村自建房亲兄弟之间的协议，在符合法律规定的情况下，是有效的。以下从不同角度为你详细分析：

协议有效的法律基础

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为有效的条件主要包括：行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。在农村自建房亲兄弟之间的协议中，如果双方均具备完全民事行为能力，协议内容是双方真实意思的表示，且没有违反法律法规的强制性规定和公序良俗，那么这份协议就是有效的。

协议内容需合法合规

1. 土地使用权：农村自建房通常涉及宅基地的使用权。根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，宅基地属于农民集体所有，农民个人只有使用权，没有所有权。因此，在协议中，双方应明确宅基地的使用权归属，以及是否允许对方在自己的宅基地上建房等。如果协议内容涉及宅基地使用权的转让或变更，必须符合相关法律法规的规定，否则可能因违法而无效。
2. 房屋所有权：自建房的所有权归属也是协议中的重要内容。双方应明确房屋的所有权归属，以及是否允许对方使用或居住等。如果协议中涉及房屋所有权的转让或赠与，必须依法办理相关手续，如过户登记等，以确保协议的合法性和有效性。
3. 其他条款：协议中还可以包括其他条款，如建房费用的分担、房屋的使用和维护等。这些条款应明确具体，避免产生歧义或纠纷。

协议形式与程序

1. 书面形式：为了确保协议的明确性和可证明性，建议双方采用书面形式签订协议。书面协议可以详细记录双方的权利和义务，以及协议的具体内容和条款。
2. 公证或见证：如果条件允许，双方还可以考虑对协议进行公证或见证。公证或见证可以增强协议的法律效力和可信度，减少后续纠纷的可能性。

协议无效或可撤销的情形

1. 无效情形：如果协议内容违反法律法规的强制性规定或公序良俗，或者双方以欺诈、胁迫等手段订立协议，损害国家利益或社会公共利益的，那么这份协议就是无效的。
2. 可撤销情形：如果协议是在一方以欺诈、胁迫等手段使对方在违背真实意思的情况下订立的，或者协议内容显失公平的，那么受损害方有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销协议。

实际建议

1. 明确协议内容：在签订协议前，双方应充分沟通并明确协议的具体内容和条款，确保双方对协议的理解一致。
2. 咨询专业人士：如果涉及复杂的法律问题或不确定的条款，建议咨询专业律师或法律顾问的意见，以确保协议的合法性和有效性。
3. 保留相关证据：在签订和履行协议过程中，双方应保留好相关证据，如书面协议、付款凭证、沟通记录等，以备不时之需。

农村自建房亲兄弟之间的协议在符合法律规定的情况下是有效的。但为了确保协议的合法性和有效性，双方应明确协议内容、采用书面形式签订协议，并在必要时咨询专业人士的意见。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。