结论：公司因员工迟到2分钟扣30元是否合法，需结合公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规综合判断，一般情况下，若规章制度未经民主程序制定、未公示或扣款缺乏合理性，则可能不合法。以下从不同角度详细分析：

一、公司规章制度与劳动合同的合法性审查

1. 规章制度制定程序
   根据《劳动合同法》第四条，公司规章制度需经职工代表大会或全体职工讨论、协商确定，并公示或告知劳动者。若公司未履行民主程序或未公示，规章制度对员工不产生约束力，扣款行为可能违法。

2. 劳动合同约定
   若劳动合同中明确约定“迟到扣款”条款，且该条款不违反法律强制性规定（如扣款后工资不低于当地最低工资标准），则可能合法。但需注意：

   • 扣款金额需合理，不得超出员工实际损失（如因迟到导致的公司直接经济损失）；
     
   • 扣款后工资不得低于最低工资标准（《劳动法》第四十八条）。

二、扣款行为的合理性分析

1. 扣款金额与迟到时间的比例
   迟到2分钟扣30元，需评估扣款金额是否与迟到时间、公司实际损失成比例。若扣款金额显著高于员工因迟到可能造成的损失（如未影响工作进度、未导致客户流失等），则可能被认定为“克扣工资”，违反《工资支付暂行规定》第十六条（扣款不得超过当月工资的20%）。

2. 公司实际损失的举证
   若公司主张扣款是因员工迟到导致损失（如订单延误、客户投诉等），需提供证据证明损失与迟到的因果关系及具体金额。无法举证的，扣款行为可能不合法。

三、地方性法规的特殊规定

部分地区对迟到扣款有明确限制，例如：

• 江苏省：根据《江苏省工资支付条例》，因劳动者原因造成单位经济损失的，每月扣款不得超过当月工资的20%，且扣除后工资不得低于最低工资标准。
  
• 上海市：规定扣款需以书面形式约定，且不得超过当月工资的20%。
  

若公司所在地有类似规定，需优先适用地方性法规。

四、员工维权建议

1. 与公司协商
   可要求公司出示规章制度、劳动合同及扣款依据，协商退还违法扣款。

2. 申请劳动仲裁
   若协商无果，可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张公司返还违法扣款并赔偿损失。需准备证据包括：

   • 工资条、银行流水（证明扣款事实）；
     
   • 公司规章制度（未公示或未履行民主程序的证据）；
     
   • 考勤记录（证明迟到时间）；
     
   • 劳动合同（证明扣款条款是否合法）。

3. 投诉举报
   向当地劳动监察部门投诉，要求对公司违法行为进行查处。

五、公司合规建议

1. 完善规章制度
   确保规章制度经民主程序制定、公示，并明确扣款标准（如按迟到时间梯度扣款，且扣款后工资不低于最低标准）。

2. 避免“一刀切”扣款
   根据迟到原因（如交通意外、突发疾病等）区分处理，体现人性化管理。

3. 保留证据
   若因员工迟到导致损失，需留存相关证据（如客户投诉记录、订单延误证明等），以支持扣款合法性。

总结：公司因迟到2分钟扣30元是否合法，需结合规章制度合法性、扣款合理性及地方性法规综合判断。若公司无法证明扣款合法，员工可通过协商、仲裁或投诉维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询。