结论：用耕地保有量计划指标文件号作出农转用批复，可能触犯《中华人民共和国行政许可法》中关于行政许可设定、实施程序以及行政许可合法性的相关规定，具体可能涉及该法第四条、第五条、第三十四条、第三十八条等条款，但需结合具体案情判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 行政许可的设定与实施原则：

   • 《行政许可法》第四条：设定和实施行政许可，应当依照法定的权限、范围、条件和程序。这意味着，任何行政许可的设定和实施都必须有明确的法律依据，且必须严格遵守法定程序。
   • 分析：若用耕地保有量计划指标文件号直接作出农转用批复，而该文件号并非法律、行政法规或国务院决定设定的行政许可依据，则可能违反了行政许可的设定原则。

2. 合法性与合理性原则：

   • 《行政许可法》第五条：设定和实施行政许可，应当遵循公开、公平、公正的原则。行政许可的实施和结果，除涉及国家秘密、商业秘密或者个人隐私的外，应当公开。
   • 分析：若农转用批复的作出过程不透明，或未遵循公开、公平、公正的原则，如仅凭耕地保有量计划指标文件号就作出批复，而未考虑其他相关因素，则可能违反了合法性与合理性原则。

3. 行政许可的实施程序：

   • 《行政许可法》第三十四条：行政机关应当对申请人提交的申请材料进行审查。申请人提交的申请材料齐全、符合法定形式，行政机关能够当场作出决定的，应当当场作出书面的行政许可决定。根据法定条件和程序，需要对申请材料的实质内容进行核实的，行政机关应当指派两名以上工作人员进行核查。
   • 《行政许可法》第三十八条：申请人的申请符合法定条件、标准的，行政机关应当依法作出准予行政许可的书面决定。行政机关依法作出不予行政许可的书面决定的，应当说明理由，并告知申请人享有依法申请行政复议或者提起行政诉讼的权利。
   • 分析：若行政机关在作出农转用批复时，未对申请材料进行充分审查，或未按照法定程序进行核查，而仅凭耕地保有量计划指标文件号就作出批复，则可能违反了行政许可的实施程序。此外，若批复决定未以书面形式作出，或未说明理由，也可能违反了相关规定。

4. 具体案情判断：

   • 需要注意的是，是否触犯《行政许可法》的具体条款，还需结合具体案情来判断。例如，耕地保有量计划指标文件号的性质、用途、颁发机构等，以及农转用批复的具体内容、作出程序等，都是判断是否违法的重要因素。

建议：

• 若您面临此类问题，建议首先收集并整理相关证据材料，包括耕地保有量计划指标文件号、农转用批复文件、申请材料等。
• 然后，咨询专业律师（即我，孙润润律师，专注于房产纠纷等领域），对具体案情进行详细分析，以判断是否触犯了《行政许可法》的相关规定。
• 最后，根据律师的建议，采取相应的法律措施，如申请行政复议、提起行政诉讼等，以维护您的合法权益。

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