结论：在发生事故后，对方一次性赔付了修车费并签订了协议，但后来又出现了新的修理费用，这种情况下，您是否可以主张新的修理费用，主要取决于协议的具体内容以及事故责任的认定。以下从不同角度为您详细分析：
一、协议内容是关键
协议是否涵盖所有修理费用：
- 如果协议中明确约定了赔付的修车费用是“一次性”且“涵盖所有因事故产生的修理费用”，那么在协议签订后，除非有新的、未预见到的损害情况出现（且这种损害与事故有直接因果关系），否则您可能难以再主张新的修理费用。
- 如果协议中并未明确说明赔付费用是“一次性”或“涵盖所有费用”，或者留下了“如有其他费用，另行协商”等余地，那么您在发现新的修理费用时，有权与对方进行协商，要求其承担相应的费用。
协议是否合法有效：
- 协议必须是在双方自愿、平等、公平的基础上签订的，且内容不违反法律法规的强制性规定。如果协议存在欺诈、胁迫、显失公平等情形，您有权请求法院或仲裁机构撤销或变更协议，从而主张新的修理费用。
二、事故责任认定是基础
事故责任是否明确：
- 如果事故责任已经由交警部门或法院明确认定，且对方承担全部或部分责任，那么您在主张新的修理费用时，可以依据责任认定书来要求对方承担相应的费用。
- 如果事故责任尚未明确或存在争议，那么您需要先通过合法途径（如报警、诉讼等）来确定事故责任，然后再根据责任认定来主张新的修理费用。
新修理费用与事故的因果关系：
- 您需要证明新的修理费用是由于事故直接导致的，而非其他原因（如车辆老化、日常磨损等）。这通常需要提供修理厂的证明、事故现场的照片或视频等证据来支持。
三、实际操作建议
与对方协商：
- 在发现新的修理费用后，首先尝试与对方进行友好协商，说明情况并提供相关证据，看是否能够达成一致意见并解决纠纷。
寻求第三方调解：
- 如果协商无果，您可以考虑寻求第三方调解机构的帮助，如交警部门、人民调解委员会等，通过调解来达成和解协议。
提起诉讼：
- 如果调解也无果，且您认为自己的权益受到了侵害，那么您可以向法院提起诉讼，要求对方承担新的修理费用。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明自己的主张。
示例说明：假设您与对方签订了一份协议，约定对方赔付您5000元作为修车费用，并明确说明这是“一次性赔付，涵盖所有因事故产生的修理费用”。后来，您发现车辆还存在其他需要修理的地方，且这些修理费用是由于事故直接导致的。在这种情况下，由于协议中已经明确约定了赔付范围，您可能难以再主张新的修理费用。但是，如果您能够证明协议签订时存在欺诈、胁迫等情形，或者新的修理费用是由于事故中未预见到的损害导致的，那么您仍然有权主张相应的费用。
后续行动建议：在处理此类纠纷时，建议您保留好所有相关证据（如事故现场照片、修理厂证明、协议文本等），并咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的权益。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。