核心结论：针对公司员工违反出差不能住套房的规定，公司可依据内部规章制度采取相应措施，具体处理方式需结合违规情节、公司制度及法律规定综合判断。以下从不同角度展开说明：
1. 依据公司规章制度处理
- 制度依据：若公司《员工手册》《差旅管理制度》等明确规定“出差住宿标准为单间/标间，禁止入住套房”，且该制度已通过民主程序制定、向员工公示或培训告知，则可作为处理依据。
- 处理方式：
- 轻微违规（如首次违规、未造成经济损失）：可采取口头警告、书面警告、扣减部分差旅补贴等措施，并要求员工签署《违规确认书》。
- 严重违规（如多次违规、故意虚报住宿标准套取差价）：可依据制度升级处罚，包括扣减绩效奖金、降职降薪，甚至解除劳动合同（需符合《劳动合同法》第39条“严重违反规章制度”的情形）。
2. 经济责任追偿
- 差价追偿：若员工通过虚报住宿标准（如将套房费用拆分为单间报销）套取公司资金，公司可要求其退还多报销的差价，并保留追究其欺诈责任的权利。
- 损失赔偿：若违规行为导致公司额外支出（如套房费用远超预算），可要求员工赔偿实际损失，但需证明损失与违规行为的直接因果关系。
3. 法律风险防范
- 制度合法性：确保公司规章制度内容合法（如不违反《劳动法》关于劳动者权益的规定）、程序合规（如经职工代表大会讨论、公示），否则可能因“规章制度违法”导致处罚无效。
- 证据固定：处理违规时需留存书面证据（如住宿发票、报销记录、员工签字确认的违规通知），避免因证据不足被认定为“违法解除”。
- 程序公正：处罚前需听取员工申辩，处罚决定需书面送达并告知救济途径（如申诉渠道），避免程序瑕疵引发劳动争议。
4. 特殊情形处理
- 因公必要：若员工能证明入住套房是因陪同客户、参加会议等合理需求（需提前报备并经审批），则不构成违规。
- 制度漏洞：若公司制度未明确套房禁令或标准模糊（如仅规定“合理标准”），需先完善制度再处理，避免因“制度不明确”被仲裁/法院否定处罚。
建议行动步骤：
- 核查公司差旅制度是否明确禁止入住套房及处罚条款；
- 调取员工住宿记录、报销凭证等证据；
- 根据违规情节轻重，选择口头/书面警告、扣减补贴或升级处罚；
- 处罚前与员工沟通，听取申辩并留存记录；
- 完善制度漏洞（如明确套房禁令、审批流程），避免后续争议。
如有进一步细节（如制度内容、违规情节等），可向我补充说明，我会结合具体情形提供更精准的建议。