对方单位一般会配合持有法院调查令的调查，但具体配合程度和结果会受到多种因素影响。以下从不同角度为你详细分析：
从法律规定角度
根据我国相关法律规定，法院有权向有关单位和个人调查取证，有关单位和个人不得拒绝。法院调查令是法院授权律师等特定人员代为调查取证的法律文书，具有法律效力。对方单位作为被调查对象，有义务配合法院的调查工作，提供与案件相关的工资、奖金、科研提成等信息。如果对方单位拒绝配合，可能会面临法院的处罚，如罚款等。
从实际操作角度
- 单位性质和规章制度
- 国有企业或大型企业：通常有较为完善的规章制度和合规体系，对法院调查令的重视程度较高，一般会积极配合调查，按照要求提供相关人员的工资、奖金、科研提成等详细信息。
- 民营企业或小型企业：可能由于管理相对不规范、法律意识淡薄等原因，对法院调查令的配合程度存在差异。有些企业可能会因为担心泄露商业秘密、影响员工关系等原因，对调查有所顾虑，但经过法院的沟通和解释，大多还是会配合提供必要的信息。
- 信息敏感性和复杂性
- 工资信息：相对较为常规和明确，一般单位都有完整的工资发放记录，提供起来相对容易，配合度较高。
- 奖金和科研提成：这些信息的计算和发放可能涉及到单位的内部考核机制、商业秘密等，情况较为复杂。单位可能会在提供这些信息时有所保留，或者要求法院提供更具体的调查范围和理由。如果涉及到商业秘密，单位可能会要求法院采取保密措施。
- 与法院的沟通协调
- 如果律师在持调查令前往对方单位调查前，能够与法院充分沟通，明确调查的目的、范围和重点，并将这些信息准确传达给对方单位，有助于提高对方单位的配合度。
- 法院也可以通过正式的公函、电话等方式与对方单位提前联系，说明调查的合法性和必要性，争取对方单位的理解和支持。
应对不配合情况的建议
如果对方单位拒绝配合法院调查令的调查，可以采取以下措施：
- 与对方单位再次沟通：了解其拒绝配合的原因，尝试解决其顾虑和问题，争取自愿配合。
- 请求法院协助：向法院反馈对方单位不配合的情况，请求法院出面协调或采取强制措施，如罚款、拘留等，迫使对方单位配合调查。
如果你在执行法院调查令过程中遇到具体问题，或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会为你提供详细、专业的解答。