当法院向协助单位发出协助调查通知书，而对方不配合时，这确实是一个涉及法律程序与责任的重要问题。以下是我为您详细梳理的应对措施及法律后果：
一、明确法律责任与义务
首先，需要明确的是，根据《中华人民共和国民事诉讼法》等相关法律法规，人民法院有权向有关单位和个人调查取证，这是法律规定的明确义务。协助单位在收到法院的协助调查通知书后，有责任和义务积极配合，提供所需的信息或证据。
二、法院可采取的措施
发出责令协助执行通知书： 法院会首先向不配合的单位发出正式的责令协助执行通知书，明确要求其在规定期限内提供相关证据或配合调查工作。这份通知书会详细阐述不履行协助义务的法律后果，以增强单位的法律意识。
说服教育与法律责任告知： 在发出通知书的同时，法院可能会尝试进行说服教育，向单位阐明配合调查取证的重要性，以及拒不配合可能承担的法律责任。这有助于提升单位对法律的认识和敬畏，促使其主动履行协助义务。
罚款与拘留： 如果单位在收到通知书后仍拒不配合，法院有权对其予以罚款。根据相关法律规定，罚款金额范围通常为五万元以上一百万元以下，具体数额根据案件情况和单位拒不配合的严重程度来决定。同时，法院还可以对其主要负责人或者直接责任人员予以拘留，拘留期限为十五日以下。
其他强制手段： 除了罚款和拘留外，法院还可以采取其他强制手段来直接获取相关证据材料。例如，法院可以通过搜查等强制措施来确保调查取证工作的顺利进行。如果单位隐匿或伪造证据，还将依法追究其刑事责任。
申请法院介入调查： 在律师或当事人调查取证时，如果遭遇单位不配合，可以及时申请法院介入调查。法院会通过发出调查令或采取其他强制措施，要求单位配合提供证据。
三、对案件的影响
单位不配合法院调查取证，不仅会对案件的审理进程产生影响，还可能对单位自身产生不利后果。例如，法院可能会基于单位的不配合行为，作出对该单位不利的证据推定，从而有利于申请方的主张。此外，即使单位不配合导致部分证据缺失，法院仍会根据已有证据和法律规定推进案件的审理，并依法作出判决。
四、建议与指导
面对单位不配合调取证据的情况，我建议您：
及时与法院沟通：了解案件进展以及法院采取的措施，确保自己能够及时掌握案件动态。
积极配合法院工作：提供必要的线索和信息，协助法院更好地开展调查取证工作。这有助于加快案件审理进程，维护您的合法权益。
寻求专业律师帮助：律师具有专业的法律知识和实践经验，能够为您提供更具体的法律建议和指导，确保您的合法权益得到有效维护。
综上所述，当法院向协助单位发出协助调查通知书而对方不配合时，法院将通过多种措施来应对，并确保案件的公正、及时审理。作为当事人或相关方，您应积极配合法院工作，以维护自身的合法权益。