遇到未签订劳动合同被员工恶意起诉的情况，企业可采取以下措施积极应对，核心结论如下：

1. 立即自查用工合规性，固定关键证据
   根据《劳动合同法》第82条，未签书面合同需支付双倍工资差额（最长11个月），但企业可通过以下证据抗辩：

   • 实际履行证据：工资发放记录（银行流水需备注“工资”）、社保缴纳记录、考勤表、工作证、工作邮件/聊天记录等，证明双方存在事实劳动关系；
     
   • 未签合同原因证据：如员工拒绝签署的书面通知、录音录像、证人证言等，证明企业已主动履行签约义务；
     
   • 恶意诉讼证据：若员工存在伪造证据、虚假陈述等行为，可调取其入职前后的行为记录（如同时与其他单位存在劳动关系、故意拖延签约等）。

2. 分析诉讼时效与赔偿范围，降低损失

   • 时效抗辩：双倍工资差额的仲裁时效为1年，自员工知道或应当知道权利受损之日起计算（通常为离职后1年内）。若起诉时已超时效，企业可主张驳回诉求；
     
   • 赔偿限额：即使需支付双倍工资，也仅以员工实际工资为基数，且不超过当地社平工资3倍（若员工工资高于该标准）；
     
   • 例外情形：若企业能证明未签合同系员工故意导致（如人事多次通知签约但被拒绝），部分地区法院可能酌情减免赔偿。

3. 积极应诉，主张免责或减责事由

   • 主张已签合同：若合同被员工藏匿或企业遗失，可申请司法鉴定（如笔迹鉴定、合同文本形成时间鉴定）；
     
   • 主张劳动关系不成立：若员工实际未提供劳动（如“挂靠”社保、虚假考勤），可提供监控录像、工作成果缺失等证据反驳；
     
   • 主张员工过错：若员工存在欺诈入职（如伪造学历、工作经历），企业可依据《劳动合同法》第26条主张合同无效，并反诉赔偿损失。

4. 后续合规整改，避免重复风险

   • 补签合同：即使已过签约期限，仍可与员工补签书面合同并注明补签日期，部分地区法院认可补签效力；
     
   • 完善用工制度：建立入职签约流程（如要求员工签署《签约确认书》）、定期自查合同存档，保留通知签约的书面记录；
     
   • 咨询专业律师：针对个案细节（如员工诉求金额、证据充分性）制定应诉策略，必要时申请调查令或证据保全。

温馨提示：若员工起诉时已离职，企业需在收到仲裁/诉讼材料后10日内提交答辩状，逾期未答辩可能被视为认可诉求。建议尽快整理证据并委托律师介入，以最大限度维护权益。