结论：配货站是否应该支付运费，这主要取决于配货站与货物买卖双方之间的具体约定以及实际履行情况。在没有三方协议的情况下，我们需要从多个角度进行分析。
分析角度一：合同关系与约定
如果配货站与货物买卖双方之间有明确的口头或书面约定：
- 约定中明确规定了运费的支付方和支付方式，那么应当按照约定执行。例如，如果约定由买方支付运费，那么配货站就不应承担运费；反之，如果约定由配货站支付或包含在服务费用中，则配货站需要支付。
如果配货站与货物买卖双方之间没有明确的约定：
- 在这种情况下，我们需要考虑行业惯例和交易习惯。通常，在货物买卖合同中，运费的支付方会在合同中明确约定。如果合同中没有约定，且行业惯例或交易习惯也不明确，那么可能需要通过协商或诉讼来解决争议。
分析角度二：实际履行情况
如果配货站已经实际承担了运费：
- 无论是否有明确的约定，如果配货站已经实际支付了运费，并且这一行为得到了货物买卖双方的认可或默许，那么可以认为配货站已经承担了运费的责任。在这种情况下，除非有充分的证据表明这一支付行为是基于误解或欺诈，否则配货站可能难以要求返还运费。
如果配货站尚未支付运费：
- 在没有明确约定的情况下，配货站可以主张自己没有支付运费的义务，并要求货物买卖双方根据实际情况协商解决。如果协商无果，任何一方都可以向法院提起诉讼，由法院根据具体情况判决运费的支付方。
分析角度三：法律原则与规定
- 在没有具体约定的情况下，我们可以参考《中华人民共和国民法典》中关于合同履行的相关规定。根据民法典的原则，合同双方应当遵循诚实信用原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。在货物买卖合同中，运费的支付通常会被视为合同的一部分，因此应当根据合同的实际情况和交易习惯来确定支付方。
建议与后果：
- 建议：为了避免类似的争议，建议在未来的交易中明确约定运费的支付方和支付方式，并尽可能采用书面形式进行确认。这样可以在发生争议时提供明确的证据支持自己的主张。
- 后果：如果无法就运费的支付达成一致意见，任何一方都可以向法院提起诉讼。法院将根据具体情况判决运费的支付方，并可能要求败诉方承担诉讼费用和律师费用等额外成本。
总结：配货站是否应该支付运费取决于与货物买卖双方之间的具体约定以及实际履行情况。在没有三方协议的情况下，建议通过协商或参考行业惯例和交易习惯来解决争议。如有必要，可以寻求法律途径来维护自己的合法权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。