针对机关事业人员联系不上且长期不在岗的情况，单位需要依据相关法律法规及规章制度，结合员工的实际情况进行妥善处理。以下是我为您提供的详细处理流程和建议：

一、确认事实与法律依据

首先，单位需要确认该员工确实存在长期不在岗且无法联系上的事实。这通常需要通过考勤记录、同事证言、工作交接情况等多方面证据来综合判断。在确认事实后，单位应依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条及《事业单位工作人员管理条例》等相关法律法规，明确单位对严重违反规章制度员工的处理权限和程序。

二、发出书面通知并尝试联系

在确认员工长期不在岗后，单位应立即向员工发出书面通知，要求其解释缺勤原因，并明确告知其若不在规定时间内返回岗位或提供合理解释，将面临相应的纪律处分。同时，单位应尝试通过多种渠道（如电话、短信、电子邮件、家庭住址等）联系员工，确保通知能够送达。

三、根据反馈情况采取相应措施

1. 若员工返回并解释原因：

   • 单位应认真听取员工的解释，并根据实际情况进行核实。
   • 若员工存在合理的请假事由（如病假、事假等），且已按单位规定办理请假手续并提供相应证明，单位应按病假等相关规定处理。
   • 若员工无正当理由长期不在岗，单位应依据规章制度给予相应的纪律处分，如警告、记过、降低岗位等级等。

2. 若员工未返回且无法联系：

   • 单位应继续尝试联系员工，并记录联系过程和结果。
   • 若经过合理期限（如一周或更长时间）仍无法联系上员工，且员工未提供任何合理解释或请假手续，单位可视为员工旷工，并依据规章制度给予更严厉的纪律处分，如撤职或开除。

四、考虑特殊情况与人性化处理

• 在处理过程中，单位应充分考虑员工是否存在特殊情况（如涉嫌违法犯罪被限制人身自由、因病或其他特殊原因无法上班等）。若存在此类情况，单位应待相关情况明确后，再决定后续处理方式。
• 对于存在特殊困难或需要单位照顾的员工，单位可在合法合规的前提下提供相应帮助，如协助办理请假手续、提供医疗援助等。

五、加强制度建设与宣传

• 单位应加强规章制度的学习和宣传，提高员工对规章制度的认识和遵守意识。
• 通过定期培训、考核等方式，确保员工了解并遵守单位的考勤制度和请假流程。

六、记录与归档

• 单位应详细记录处理过程和结果，包括发出通知的时间、联系员工的记录、员工的反馈情况、给予的纪律处分等。
• 这些记录应作为员工人事档案的一部分进行归档保存，以备后续查阅和参考。

综上所述，机关事业人员在处理联系不上且长期不在岗的员工时，应严格遵循法律法规和单位规章制度，同时兼顾员工的实际情况和合理需求。通过合法的程序、合理的经济处罚、必要的纪律处分以及人性化的管理措施，确保处理的公正性和有效性，维护单位的正常秩序和员工的合法权益。