市直机关干部长期不在岗的处理方式需根据具体情形和法律规定分情况讨论，核心结论如下：

1. 若长期不在岗属于旷工或无正当理由缺勤
   根据《公务员法》第八十八条，公务员旷工或者因公外出、请假期满无正当理由逾期不归连续超过十五天，或者一年内累计超过三十天的，予以辞退。

   • 处理流程：单位应先通过书面催告、谈话等方式要求其返岗，并留存证据；若仍不返岗，可依据《公务员辞退规定》启动辞退程序，经任免机关批准后生效。
     
   • 注意事项：需确保程序合法，避免因证据不足或程序瑕疵引发争议。

2. 若长期不在岗因借调、挂职等合法原因
   若干部经组织安排借调至其他单位、挂职锻炼或参与专项工作，需以正式文件为依据，且借调期限一般不超过一年（特殊情况可延长）。

   • 处理建议：单位应明确借调期限、工作内容及返岗时间，避免超期借调；若借调期满未返岗，可按第一种情形处理。

3. 若长期不在岗因患病或非因工负伤
   根据《公务员法》第八十九条，公务员患病或者负伤，在规定的医疗期内的，不得辞退。医疗期结束后仍不能工作的，可按程序申请病退或调整岗位。

   • 关键点：需提供医疗机构出具的病假证明，且医疗期长度需符合《公务员法》及地方规定（通常为6-24个月）。

4. 若长期不在岗涉嫌违纪违法
   若干部存在“吃空饷”、贪污受贿等行为，可能同时违反《中国共产党纪律处分条例》和《监察法》，需移送纪检监察机关处理。

   • 处理方式：单位应立即停止其工资发放，配合调查，并根据调查结果给予党纪政务处分（如警告、记过、开除党籍等），涉嫌犯罪的移送司法机关。

总结建议：
市直机关干部长期不在岗的处理需结合具体原因，严格依据《公务员法》《中国共产党纪律处分条例》等法规操作。单位应优先通过沟通、催告等方式解决，若涉及违纪违法则需及时移送相关部门。若您有具体案例或细节需进一步分析，可直接向我咨询。