结论：木马通过跨境代扣协议盗刷资金的情况下，银行是否赔付不能一概而论，需结合具体情况判断，包括银行是否尽到安全保障义务、用户是否存在过错以及相关法律规定等。以下从不同角度进行分析：
银行的责任与义务
安全保障义务：
- 根据《中华人民共和国商业银行法》第六条，商业银行应当保障存款人的合法权益不受任何单位和个人的侵犯。这包括采取必要的技术和管理措施，确保客户资金的安全。
- 如果银行未能尽到安全保障义务，如系统存在漏洞、未及时更新安全措施等，导致客户资金被盗刷，银行可能需要承担相应的赔偿责任。
跨境代扣协议的特殊性：
- 跨境代扣协议涉及不同国家和地区的法律体系，银行在处理跨境交易时需遵守更严格的合规要求。
- 如果银行在跨境代扣过程中未能严格遵守相关法规或协议条款，导致客户资金被盗刷，银行同样可能需要承担责任。
用户的责任与义务
妥善保管账户信息：
- 用户有义务妥善保管自己的账户信息，包括账号、密码、验证码等，避免泄露给第三方。
- 如果用户因自身疏忽导致账户信息泄露，进而被木马盗刷资金，用户可能需要承担一定的责任。
及时报告与配合调查：
- 一旦发现资金被盗刷，用户应立即向银行报告，并配合银行进行调查。
- 如果用户未能及时报告或配合调查，可能会影响银行对事件的判断和处理，进而影响赔偿责任的认定。
赔偿责任的认定
过错原则：
- 在认定银行是否应承担赔偿责任时，通常会遵循过错原则。即如果银行存在过错（如未尽到安全保障义务），且该过错与资金被盗刷之间存在因果关系，银行应承担赔偿责任。
- 如果用户也存在过错（如未妥善保管账户信息），则可能根据双方的过错程度分担责任。
具体案例判断：
- 每个案件的具体情况都不同，包括银行的安全措施、用户的保管情况、盗刷的手段等。
- 因此，在判断银行是否应承担赔偿责任时，需要综合考虑各种因素，并参考类似案例的判决结果。
建议与措施
加强账户安全：
- 用户应定期更换密码、使用复杂密码、开启双重验证等措施，提高账户的安全性。
- 同时，避免在不可信的网站或应用上输入账户信息，防止信息泄露。
及时关注账户动态：
- 用户应定期查看账户交易记录，及时发现异常交易并报告给银行。
- 如果发现资金被盗刷，应立即联系银行冻结账户并报警处理。
了解相关法律法规：
- 用户应了解与跨境交易、账户安全相关的法律法规，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
总结来说，木马通过跨境代扣协议盗刷资金的情况下，银行是否赔付需结合具体情况判断。如果银行存在过错且该过错与资金被盗刷之间存在因果关系，银行应承担赔偿责任。但用户也应加强账户安全、及时关注账户动态并了解相关法律法规，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。